A distinct T cell receptor signature associates with cardiac outcome in myocardial infarction patients

A distinct T cell receptor signature associates with cardiac outcome in myocardial infarction patients. This folder contains the dataset, metadata and annotated files supporting the results. Raw fastq files can be found at PRJNA1452490. Structure : aligned: contained MIXCR v3.12 aligned files. code : - analysis : R scripts used to produce the figures - model_pgen_pdata: Scripts used to compute the signature using pgen/pdata synthetic_repertoire : synthetic repertoires used to compute the Pgen/Pdata tables : relevant tables for the analysis metadata.csv : sample information table for clonotype analysis clonotype_table.rds : complete clonotype tables from aligned data 348_mi_signature.csv : final signature with corresponding pgen/pdata/pvalues vj_usage.rds : RDS object containing TR gene usage in dataset table_clinical_data.xlsx : clinical table used in the figures Clinical parameters summarized.docx : summary of clinical parameters心肌梗死患者中独特的T细胞受体（T cell receptor）特征与心脏预后相关。 本文件夹包含支撑本研究结果的数据集、元数据及注释文件。原始FASTQ文件可在PRJNA1452490获取。 文件结构： aligned目录：包含MIXCR v3.12比对生成的文件。 code目录： - analysis子目录：用于生成研究图表的R脚本； - model_pgen_pdata子目录：用于基于pgen/pdata计算特征集的脚本； - synthetic_repertoire子目录：用于计算Pgen/Pdata的合成免疫组库文件。 tables目录：本分析所需的相关数据表。 metadata.csv：用于克隆型（clonotype）分析的样本信息表。 clonotype_table.rds：源自比对数据的完整克隆型数据表。 348_mi_signature.csv：包含对应pgen、pdata及p值的最终特征集。 vj_usage.rds：存储本数据集内TR基因使用情况的RDS对象。 table_clinical_data.xlsx：用于生成图表的临床数据表。 Clinical parameters summarized.docx：临床参数汇总文档。