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Paedocypris genome assemblies and annotation

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NIAID Data Ecosystem2026-03-11 收录
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These are the three different assembly versions (Celera, DiscovarDeNovo and Metassembler) for Paedocypris carbunculus and Paedocypris micromegethes. Also, annotation of the Metassembler assembly in .fasta and .gff for both species, based on the MAKER2 pipeline. The Celera Assembler assembles are denoted {species}.scf.fassta The DiscovarDeNovo assemblies are denoted {species}.lines.fasta The Metassembler assemblies are denoted:QDDN.{species.CA.{species}.fasta

本数据集涵盖短微鲤(*Paedocypris carbunculus*)与细身微鲤(*Paedocypris micromegethes*)的三套不同基因组组装版本,分别由Celera、DiscovarDeNovo及Metassembler三款组装工具生成。 此外,针对两个物种的Metassembler组装结果,我们提供了依托MAKER2分析流程注释得到的FASTA格式(FASTA)与GFF格式(GFF)注释文件。 其中,Celera组装器得到的组装结果命名格式为`{species}.scf.fasta`(原文存在笔误,原写为“fassta”,已修正为标准FASTA格式后缀);DiscovarDeNovo组装器得到的组装结果命名格式为`{species}.lines.fasta`;Metassembler组装器得到的组装结果命名格式为`QDDN.{species}.CA.{species}.fasta`(原文存在括号缺失的笔误,已修正格式以保证可读性)。

创建时间:
2019-10-28
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