Spatial dynamics of CD39⁺CD8⁺ exhausted T cells reveal tertiary lymphoid structures-mediated response to PD-1 blockade in esophageal cancer

Data related to the paper: "Spatial dynamics of CD39+CD8+ exhausted T cells reveal tertiary lymphoid structures-mediated response to PD-1 blockade in esophageal cancer,” Nature Communications (2024) The repository data consists of two main folders: IMC_dataset and MC_normalized_dataset. IMC_dataset includes: IMC_denoised_dataset: This folder contains cell mask images and noise-reduced images for each sample. IMC_raw_dataset: This folder contains raw, unprocessed data. IMC_processed_data: This folder contains standardized single-cell information and spillover-corrected FCS files, along with the compensation matrix. The MC_normalized dataset includes FCS files that have been sorted by barcode. Please note that in the IMC dataset, the following mass channels are blank: Tumor-ROI: 80Ar, 127I, 131Xe, 145Nd, 146Nd, 149Sm, 160Gd, 171Yb, 174Yb, 176Yb, 190Os SLO-ROI: 80Ar, 127I, 131Xe, 145Nd, 146Nd, 149Sm, 160Gd, 176Yb, 190Os The names attached to the file names are IDs.本数据集关联论文《食管癌细胞中CD39+CD8+耗竭T细胞的空间动力学特征揭示三级淋巴结构(tertiary lymphoid structures)介导的PD-1(Programmed Death Receptor 1)阻断治疗应答》，发表于《自然·通讯(Nature Communications)》（2024年）。 本数据集仓库包含两个核心文件夹：成像质谱流式(Imaging Mass Cytometry, IMC)数据集与MC_normalized_dataset。 IMC数据集包含以下子文件夹： 1. IMC_denoised_dataset：该文件夹存储所有样本的细胞掩膜图像与降噪后图像。 2. IMC_raw_dataset：该文件夹存储未经处理的原始数据。 3. IMC_processed_data：该文件夹包含标准化的单细胞信息、经溢出校正的流式细胞术标准文件(Flow Cytometry Standard, FCS)，以及补偿矩阵。 MC_normalized_dataset包含已按条形码(barcode)排序的FCS文件。 请注意，在IMC数据集中，以下质量通道为空： - 肿瘤区域(Tumor-ROI)：80Ar、127I、131Xe、145Nd、146Nd、149Sm、160Gd、171Yb、174Yb、176Yb、190Os - 次级淋巴组织区域(SLO-ROI，Secondary Lymphoid Organ-ROI)：80Ar、127I、131Xe、145Nd、146Nd、149Sm、160Gd、176Yb、190Os 文件名所附带的标识为样本ID。