Simulation POPC_512_TM3_D2A_10_5up_5down_NaCl_150mM_310K_rep1 membrane

Title publication: A Ceramide-Regulated Element in the Late Endosomal Protein LAPTM4B Controls Amino Acid Transporter Interaction Year publication: 2018 DOI publication: 10.1021/acscentsci.7b00582 Description: Simulation POPC membrane containing ten LAPTM4B-TM3 with D2A mutation in the water phase using charmm36 at 310K. MD engine: gromacs 2016.1 Force field: charmm36 Temperature: 310 K Pressure: 1 bar Simulation time: 800 ns Saving frequency: 100 ps Molecular content: TM3_D2A 10 POPC 512 SOL 29366 NA 79 CL 79 Additional information: * Membrane containing LAPTM3_D2A peptides (Ac-AWIIPFFCYQIFDFALNMLVAITVLIY-NH2). D to A muation.发表标题：晚期内体蛋白LAPTM4B中受神经酰胺调控的元件调控氨基酸转运体相互作用 发表年份：2018 发表DOI：10.1021/acscentsci.7b00582 模拟说明：采用charmm36力场，于310K条件下，对水相中包含10个携带D2A突变的LAPTM4B-TM3蛋白的POPC膜体系开展分子动力学模拟。 分子动力学模拟引擎：GROMACS 2016.1 所用力场：charmm36 模拟温度：310 K 模拟压力：1 bar 模拟总时长：800 ns 数据保存频率：100 ps 体系分子组成： TM3_D2A：10个 POPC：512个 SOL（水分子）：29366个 NA（钠离子）：79个 CL（氯离子）：79个 补充信息： * 本体系包含携带LAPTM3_D2A肽段（序列为Ac-AWIIPFFCYQIFDFALNMLVAITVLIY-NH2）的膜结构，该肽段存在D至A突变。