Simulation data for "Phylogenetic analysis of migration, differentiation, and class switching in B cells"
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Simulation data for https://doi.org/10.1101/2020.05.30.124446. Scripts available at: https://bitbucket.org/kleinstein/projects/src/master/Hoehn2020/ data_twostate.tsv: AIRR TSV file of data used for simulations trees_twostate.RData: Tree topologies used to simulate migration simulations.tar.gz: Files used in simulation analyses. File names show: <rate (r)>_<rate A to B (r_ab)>_<pi_A>_<repetition> laddersims.tar.gz: Files used in ladder tree simulation analyses. File names show: <rate (r)>_<rate A to B (r_ab)>_<pi_A>_<number of tips>_<number of trees>_<repetition>
本数据集对应数字对象标识符（DOI，Digital Object Identifier）为10.1101/2020.05.30.124446的研究的模拟数据。相关脚本可于以下地址获取：https://bitbucket.org/kleinstein/projects/src/master/Hoehn2020/ data_twostate.tsv：用于模拟分析的AIRR格式TSV数据文件（AIRR TSV file）。 trees_twostate.RData：用于开展迁移模拟的系统发育树拓扑结构文件。 simulations.tar.gz：模拟分析所用的文件集合，文件名命名格式为：<置换速率(r)>_<A到B的置换速率(r_ab)>_<等位基因A的频率(pi_A)>_<重复次数>。 laddersims.tar.gz：阶梯状树模拟分析所用的文件集合，文件名命名格式为：<置换速率(r)>_<A到B的置换速率(r_ab)>_<等位基因A的频率(pi_A)>_<末端分支数>_<树的总数>_<重复次数>。
