1856 SCOtag Sequences for Rosa phylogenomics

Here we released 29,399 SCO_Tag sequences mined in <b>17 <i>Rosa</i> species</b> (<i>R. arvensis</i>, <i>R. chinensis</i>, <i>R</i>. x <i>damascena</i>, <i>R</i>., <i>gigantea</i>, <i>R</i>. <i>laevigata</i>, <i>R</i>. <i>majalis</i>, <i>R. minutifolia</i>, <i>R. moschata</i>, <i>R. multiflora</i>, <i>R. odorata</i>, <i>R</i>. 'Old Blush', <i>R</i>. <i>palustris</i>, <i>R. pendulina</i>, <i>R. persica</i>, <i>R. rugosa</i>, <i>R. wichurana</i>, <i>R. xanthina</i>) and <b>7 other Rosaceae species</b> (<i>Fragaria iinumae</i>, <i>Fragaria nipponica</i>, <i>Fragaria nubicola</i>, <i>Fragaria vesca</i>, <i>Geum urbanum</i>, <i>Potentilla micrantha</i>, <i>Rubus occidentalis</i>).These SCO_Tag sequences can potentially amplify genomic regions that show interest in resolving both recent and ancient divergences in the evolutionary history of the genus <i>Rosa</i>. They are also millestones well-distributed on the seven pseudomolecules and unanchored scaffolds of the genome of roses and can serve for genome comparative studies in this genus.<br>

本研究公开发布了29399条SCO_Tag序列，此类序列挖掘自**17个蔷薇属（Rosa）物种**，分别为：野蔷薇（R. arvensis）、月季（R. chinensis）、大马士革蔷薇（R. × damascena）、大花香水月季（R. gigantea）、光叶蔷薇（R. laevigata）、五月蔷薇（R. majalis）、小叶蔷薇（R. minutifolia）、麝香蔷薇（R. moschata）、多花蔷薇（R. multiflora）、香水月季（R. odorata）、‘月月红’月季（R. 'Old Blush'）、沼泽蔷薇（R. palustris）、下垂蔷薇（R. pendulina）、波斯蔷薇（R. persica）、玫瑰（R. rugosa）、威廉氏蔷薇（R. wichurana）、黄刺玫（R. xanthina）；以及**7个蔷薇科（Rosaceae）物种**，分别为：饭沼草莓（Fragaria iinumae）、日本草莓（Fragaria nipponica）、云生草莓（Fragaria nubicola）、野草莓（Fragaria vesca）、路边青（Geum urbanum）、小叶委陵菜（Potentilla micrantha）、美洲悬钩子（Rubus occidentalis）。
此类SCO_Tag序列可扩增靶向基因组区域，用于解析蔷薇属演化历程中近期与古老的分化事件；同时，该序列在蔷薇基因组的7条假染色体（pseudomolecules）及未锚定支架序列（scaffolds）上分布均匀，可用于该属的比较基因组学研究。