Multi-Organ Abdominal Ct Reference Standard Segmentations
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DenseVNet Multi-organ Segmentation on Abdominal CT This dataset includes the multi-organ abdominal CT reference segmentations publicly released in conjunction with the IEEE Transactions on Medical Imaging paper "Automatic Multi-organ Segmentation on Abdominal CT with Dense V-networks" [1]. The data comprises reference segmentations for 90 abdominal CT images delineating multiple organs: the spleen, left kidney, gallbladder, esophagus, liver, stomach, pancreas and duodenum. The abdominal CT images and some of the reference segmentations were drawn from two data sets: The Cancer Image Archive (TCIA) Pancreas-CT data set [2-4] and the Beyond the Cranial Vault (BTCV) Abdomen data set [5-6]. The Pancreas-CT data set comprises abdominal CT acquired at the National Institutes of Health Clinical Center from pre-nephrectomy healthy kidney donors or patients with neither major abdominal pathologies nor pancreatic cancer lesions. Segmentations of the pancreas are included with this data set; images were manually labeled slice-by-slice by a medical student, and verified/modified by an experienced radiologist. The BTCV data set comprises abdominal CT acquired at the Vanderbilt University Medical Center from metastatic liver cancer patients or post-operative ventral hernia patients. Segmentations of the spleen, right and left kidney, gallbladder, esophagus, liver, stomach, aorta, inferior vena cava, portal vein and splenic vein, pancreas, right adrenal gland, left adrenal gland are included in this data set; images were manually labeled by two experienced undergraduate students, and verified by a radiologist on a volumetric basis using the MIPAV software. Segmentations that were not present in the original data sets were performed interactively using Matlab 2015b and ITK-SNAP 3.2 by an image research fellow under the supervision of a board-certified radiologist with 8 years of experience in gastrointestinal CT and MRI image interpretation. Segmentations that were present in the original data sets were edited to ensure a consistent segmentation protocol across the data set. Terms of use The terms of use of this data set include the terms of use of both the TCIA Pancreas-CT data set (see tabs for data links and terms of use) and the Beyond the Cranial Vault (BTCV) Abdomen data set (terms of use; after registration, you can access the data). If you use these reference segmentations, please cite the above manuscript and the references below. Because these data include manual segmentations of images from the Beyond the Cranial Vault challenge test data, they may not be used to develop submissions for the challenge. References [1] Gibson E, Giganti F, Hu Y, Bonmati E, Bandula S, Gurusamy K, Davidson B, Pereira SP, Clarkson MJ, Barratt DC. Automatic multi-organ segmentation on abdominal CT with dense v-networks. IEEE Transactions on Medical Imaging, 2018. [2] Roth HR, Farag A, Turkbey EB, Lu L, Liu J, and Summers RM. (2016). Data From Pancreas-CT. The Cancer Imaging Archive. http://doi.org/10.7937/K9/TCIA.2016.tNB1kqBU [3] Roth HR, Lu L, Farag A, Shin H-C, Liu J, Turkbey EB, Summers RM. DeepOrgan: Multi-level Deep Convolutional Networks for Automated Pancreas Segmentation. N. Navab et al. (Eds.): MICCAI 2015, Part I, LNCS 9349, pp. 556–564, 2015. http://arxiv.org/pdf/1506.06448.pdf [4] Clark K, Vendt B, Smith K, Freymann J, Kirby J, Koppel P, Moore S, Phillips S, Maffitt D, Pringle M, Tarbox L, Prior F. The Cancer Imaging Archive (TCIA): Maintaining and Operating a Public Information Repository, Journal of Digital Imaging, Volume 26, Number 6, December, 2013, pp 1045-1057. http://doi.org/10.1007/s10278-013-9622-7 [5] Xu Z, Lee CP, Heinrich MP, Modat M, Rueckert D, Ourselin S, Abramson RG, and Landman BA, "Evaluation of six registration methods for the human abdomen on clinically acquired CT," IEEE Trans. Biomed. Eng., vol. 63, no. 8, pp. 1563–1572, 2016.http://doi.org/10.1109/TBME.2016.2574816 [6] Landman BA, Xu Z, Igelsias JE, Styner M, Langerak TR, and Klein A, "MICCAI multi-atlas labeling beyond the cranial vault - workshop and challenge," 2015, https://doi.org/10.7303/syn3193805 File format Labels are in NIfTI format with the following label definitions. Labels marked with * are only available in the BTCV data set. spleen right kidney* left kidney gallbladder esophagus liver stomach aorta* inferior vena cava* portal vein and splenic vein* pancreas right adrenal gland* left adrenal gland* duodenum Subjects included in the dataset The data comprises segmentation volumes for 90 cases, and the cropping coordinates (cropping.csv) used in the manuscript. The abdominal CT can be obtained from the links above. The reference standard segmentations may be incomplete outside of the specified cropping region. The cases are listed by their subject identifiers in their original data set: \(\begin{bmatrix} 1 & TCIA & Pancreas-CT & 0002\\ 2 & TCIA & Pancreas-CT & 0003\\ 3 & TCIA & Pancreas-CT & 0004\\ 4 & TCIA & Pancreas-CT & 0005\\ 5 & TCIA & Pancreas-CT & 0006\\ 6 & TCIA & Pancreas-CT & 0007\\ 7 & TCIA & Pancreas-CT & 0008\\ 8 & TCIA & Pancreas-CT & 0009\\ 9 & TCIA & Pancreas-CT & 0010\\ 10 & TCIA & Pancreas-CT & 0011\\ 11 & TCIA & Pancreas-CT & 0012\\ 12 & TCIA & Pancreas-CT & 0013\\ 13 & TCIA & Pancreas-CT & 0014\\ 14 & TCIA & Pancreas-CT & 0016\\ 15 & TCIA & Pancreas-CT & 0017\\ 16 & TCIA & Pancreas-CT & 0018\\ 17 & TCIA & Pancreas-CT & 0019\\ 18 & TCIA & Pancreas-CT & 0020\\ 19 & TCIA & Pancreas-CT & 0021\\ 20 & TCIA & Pancreas-CT & 0022\\ 21 & TCIA & Pancreas-CT & 0024\\ 22 & TCIA & Pancreas-CT & 0025\\ 23 & TCIA & Pancreas-CT & 0026\\ 24 & TCIA & Pancreas-CT & 0027\\ 25 & TCIA & Pancreas-CT & 0028\\ 26 & TCIA & Pancreas-CT & 0029\\ 27 & TCIA & Pancreas-CT & 0030\\ 28 & TCIA & Pancreas-CT & 0031\\ 29 & TCIA & Pancreas-CT & 0032\\ 30 & TCIA & Pancreas-CT & 0033\\ 31 & TCIA & Pancreas-CT & 0034\\ 32 & TCIA & Pancreas-CT & 0035\\ 33 & TCIA & Pancreas-CT & 0038\\ 34 & TCIA & Pancreas-CT & 0039\\ 35 & TCIA & Pancreas-CT & 0040\\ 36 & TCIA & Pancreas-CT & 0041\\ 37 & TCIA & Pancreas-CT & 0042\\ 38 & TCIA & Pancreas-CT & 0043\\ 39 & TCIA & Pancreas-CT & 0044\\ 40 & TCIA & Pancreas-CT & 0045\\ 41 & TCIA & Pancreas-CT & 0046\\ 42 & TCIA & Pancreas-CT & 0047\\ 43 & TCIA & Pancreas-CT & 0048\\ 44 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0001\\ 45 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0002\\ 46 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0003\\ 47 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0004\\ 48 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0005\\ 49 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0006\\ 50 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0007\\ 51 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0008\\ 52 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0009\\ 53 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0010\\ 54 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0021\\ 55 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0022\\ 56 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0023\\ 57 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0024\\ 58 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0025\\ 59 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0026\\ 60 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0027\\ 61 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0028\\ 62 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0029\\ 63 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0030\\ 64 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0031\\ 65 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0032\\ 66 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0033\\ 67 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0034\\ 68 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0035\\ 69 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0036\\ 70 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0037\\ 71 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0038\\ 72 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0039\\ 73 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0040\\ 74 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0061\\ 75 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0062\\ 76 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0063\\ 77 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0064\\ 78 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0065\\ 79 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0066\\ 80 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0067\\ 81 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0068\\ 82 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0069\\ 83 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0070\\ 84 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0074\\ 85 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0075\\ 86 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0076\\ 87 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0077\\ 88 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0078\\ 89 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0079\\ 90 & Synapse & BeyondTheCranialVault & 0080\\ \end{bmatrix}\)
# 基于DenseVNet的腹部CT多器官分割数据集 本数据集包含与发表于《IEEE Transactions on Medical Imaging》的论文《基于Dense V网络的腹部CT自动多器官分割》[1] 同步公开的腹部CT多器官参考分割结果。 该数据集包含90例腹部CT图像的参考分割标注，覆盖的器官包括脾脏、左肾、胆囊、食管、肝脏、胃、胰腺及十二指肠。 本次使用的腹部CT图像及部分参考分割结果源自两个公开数据集：美国癌症图像档案（The Cancer Image Archive, TCIA）胰腺CT数据集[2-4] 与颅外区域（Beyond the Cranial Vault, BTCV）腹部数据集[5-6]。 TCIA胰腺CT数据集的影像采集于美国国立卫生研究院临床中心，受试者为肾切除术前健康肾脏供体，或无重大腹部病变及胰腺癌病灶的患者。该数据集包含胰腺的分割标注：由医学生逐片手动标注，并由经验丰富的放射科医师审核修正。 BTCV腹部数据集的影像采集于范德堡大学医学中心，受试者为转移性肝癌患者或术后腹壁疝患者。该数据集包含以下器官的分割标注：脾脏、左右肾、胆囊、食管、肝脏、胃、主动脉、下腔静脉、门静脉与脾静脉、胰腺、左右肾上腺；标注由两名经验丰富的本科生手动完成，并由放射科医师使用MIPAV软件进行全容积审核。 对于原始数据集中未包含的分割标注，由一名影像研究员在拥有8年胃肠CT与MRI影像解读经验的持证放射科医师监督下，使用Matlab 2015b与ITK-SNAP 3.2软件交互式完成。原始数据集中已有的分割标注也经过编辑，以确保整个数据集采用统一的分割标准。 ## 使用条款 本数据集需同时遵循TCIA胰腺CT数据集（数据链接与使用条款详见对应标签页）与BTCV腹部数据集（完成注册后可获取数据，需遵守其使用条款）的使用规范。若使用本参考分割结果，请引用上述论文及下方列出的参考文献。由于本数据集包含颅外区域挑战赛测试数据的手动分割结果，不得将其用于开发该挑战赛的参赛方案。 ## 参考文献 [1] Gibson E, Giganti F, Hu Y, Bonmati E, Bandula S, Gurusamy K, Davidson B, Pereira SP, Clarkson MJ, Barratt DC. Automatic multi-organ segmentation on abdominal CT with dense v-networks. IEEE Transactions on Medical Imaging, 2018. [2] Roth HR, Farag A, Turkbey EB, Lu L, Liu J, and Summers RM. (2016). Data From Pancreas-CT. The Cancer Imaging Archive. http://doi.org/10.7937/K9/TCIA.2016.tNB1kqBU [3] Roth HR, Lu L, Farag A, Shin H-C, Liu J, Turkbey EB, Summers RM. DeepOrgan: Multi-level Deep Convolutional Networks for Automated Pancreas Segmentation. N. Navab et al. (Eds.): MICCAI 2015, Part I, LNCS 9349, pp. 556–564, 2015. http://arxiv.org/pdf/1506.06448.pdf [4] Clark K, Vendt B, Smith K, Freymann J, Kirby J, Koppel P, Moore S, Phillips S, Maffitt D, Pringle M, Tarbox L, Prior F. The Cancer Imaging Archive (TCIA): Maintaining and Operating a Public Information Repository, Journal of Digital Imaging, Volume 26, Number 6, December, 2013, pp 1045-1057. http://doi.org/10.1007/s10278-013-9622-7 [5] Xu Z, Lee CP, Heinrich MP, Modat M, Rueckert D, Ourselin S, Abramson RG, and Landman BA. "Evaluation of six registration methods for the human abdomen on clinically acquired CT", IEEE Trans. Biomed. Eng., vol. 63, no. 8, pp. 1563–1572, 2016. http://doi.org/10.1109/TBME.2016.2574816 [6] Landman BA, Xu Z, Igelsias JE, Styner M, Langerak TR, and Klein A. "MICCAI multi-atlas labeling beyond the cranial vault - workshop and challenge", 2015, https://doi.org/10.7303/syn3193805 ## 文件格式 标注文件采用NIfTI格式（NIfTI），标签定义如下。带*标记的标签仅在BTCV数据集中提供： spleen：脾脏 right kidney*：右肾* left kidney：左肾 gallbladder：胆囊 esophagus：食管 liver：肝脏 stomach：胃 aorta*：主动脉* inferior vena cava*：下腔静脉* portal vein and splenic vein*：门静脉与脾静脉* pancreas：胰腺 right adrenal gland*：右肾上腺* left adrenal gland*：左肾上腺* duodenum：十二指肠 ## 数据集包含的受试者 本数据集包含90例病例的分割容积数据，以及论文中使用的裁剪坐标文件（cropping.csv）。腹部CT图像可通过上述链接获取。参考标准分割结果在指定裁剪区域外可能存在不完整的情况。所有病例按其所属原始数据集的受试者标识符列出： 1 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0002 2 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0003 3 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0004 4 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0005 5 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0006 6 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0007 7 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0008 8 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0009 9 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0010 10 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0011 11 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0012 12 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0013 13 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0014 14 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0016 15 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0017 16 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0018 17 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0019 18 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0020 19 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0021 20 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0022 21 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0024 22 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0025 23 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0026 24 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0027 25 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0028 26 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0029 27 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0030 28 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0031 29 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0032 30 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0033 31 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0034 32 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0035 33 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0038 34 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0039 35 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0040 36 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0041 37 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0042 38 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0043 39 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0044 40 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0045 41 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0046 42 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0047 43 美国癌症图像档案（TCIA） 胰腺CT 0048 44 Synapse 颅外区域（BTCV） 0001 45 Synapse 颅外区域（BTCV） 0002 46 Synapse 颅外区域（BTCV） 0003 47 Synapse 颅外区域（BTCV） 0004 48 Synapse 颅外区域（BTCV） 0005 49 Synapse 颅外区域（BTCV） 0006 50 Synapse 颅外区域（BTCV） 0007 51 Synapse 颅外区域（BTCV） 0008 52 Synapse 颅外区域（BTCV） 0009 53 Synapse 颅外区域（BTCV） 0010 54 Synapse 颅外区域（BTCV） 0021 55 Synapse 颅外区域（BTCV） 0022 56 Synapse 颅外区域（BTCV） 0023 57 Synapse 颅外区域（BTCV） 0024 58 Synapse 颅外区域（BTCV） 0025 59 Synapse 颅外区域（BTCV） 0026 60 Synapse 颅外区域（BTCV） 0027 61 Synapse 颅外区域（BTCV） 0028 62 Synapse 颅外区域（BTCV） 0029 63 Synapse 颅外区域（BTCV） 0030 64 Synapse 颅外区域（BTCV） 0031 65 Synapse 颅外区域（BTCV） 0032 66 Synapse 颅外区域（BTCV） 0033 67 Synapse 颅外区域（BTCV） 0034 68 Synapse 颅外区域（BTCV） 0035 69 Synapse 颅外区域（BTCV） 0036 70 Synapse 颅外区域（BTCV） 0037 71 Synapse 颅外区域（BTCV） 0038 72 Synapse 颅外区域（BTCV） 0039 73 Synapse 颅外区域（BTCV） 0040 74 Synapse 颅外区域（BTCV） 0061 75 Synapse 颅外区域（BTCV） 0062 76 Synapse 颅外区域（BTCV） 0063 77 Synapse 颅外区域（BTCV） 0064 78 Synapse 颅外区域（BTCV） 0065 79 Synapse 颅外区域（BTCV） 0066 80 Synapse 颅外区域（BTCV） 0067 81 Synapse 颅外区域（BTCV） 0068 82 Synapse 颅外区域（BTCV） 0069 83 Synapse 颅外区域（BTCV） 0070 84 Synapse 颅外区域（BTCV） 0074 85 Synapse 颅外区域（BTCV） 0075 86 Synapse 颅外区域（BTCV） 0076 87 Synapse 颅外区域（BTCV） 0077 88 Synapse 颅外区域（BTCV） 0078 89 Synapse 颅外区域（BTCV） 0079 90 Synapse 颅外区域（BTCV） 0080
