Galaxy-Workflow-De_Novo_Assembly_workflow_for_dual_hepatitis_E_virus_infection.ga

This workflow takes paired fastq files, trims and normalises them and assemblies the output to produce contigs, which will be identified by BLAST afterwards. <br>The output then will be sorted to choose the best hits according to the e-valu, bitscore and length. <br><b>PLEASE BE AWARE</b>, SPAdes is set to work with kmers size of 21,33,55,77,99,121. If you want to use different parameters, please modify it before run the workflow

本工作流以双端fastq测序文件为输入，先对其进行序列修剪与数据标准化处理，随后将处理后的测序数据进行组装以生成重叠群（contig），后续将通过BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）对这些重叠群进行序列比对鉴定。
随后将根据e值（e-value）、比特得分（bitscore）以及序列长度对输出结果进行排序，以筛选出最优比对命中结果。
**请注意**，本工作流默认将SPAdes的k-mer参数设置为21、33、55、77、99、121。若您需使用其他参数，请在运行该工作流前自行修改。