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JASPAR 2024 TFBS LOLA databases - Part 1

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Zenodo2023-09-14 更新2026-05-26 收录
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资源简介:

This repository contains the first part of the JASPAR 2024 LOLA databases used by the JASPAR TFBS enrichment tool. For each organism, we provide the LOLA databases for all JASPAR 2024 TFBS sets as compressed directories containing a set of .RDS R objects. Databases are organised by genome assembly. The repository is split into different parts due to file sizes. Below are listed the different parts and the genome assemblies for which they have TFBSs: Part 1: araTha1, ce10, ce11, ci3, danRer11, dm6, sacCer3. Part 2: hg38. Part 3: mm39.

本仓库包含JASPAR 2024 LOLA数据库的第一部分,该数据库供JASPAR转录因子结合位点(Transcription Factor Binding Site,TFBS)富集分析工具使用。针对每个物种,我们提供了覆盖所有JASPAR 2024 TFBS集的LOLA数据库,其以压缩目录形式存储,内含若干.RDS格式的R对象。数据库按基因组组装版本进行分类组织。由于单文件体积较大,本仓库被拆分为多个部分。下文列出了各拆分部分及其涵盖的TFBS基因组组装版本:第1部分:araTha1、ce10、ce11、ci3、danRer11、dm6、sacCer3;第2部分:hg38;第3部分:mm39。

提供机构:
Zenodo
创建时间:
2023-09-14
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