Additional file 1: Table S1. of DNA methylation signatures for 2016 WHO classification subtypes of diffuse gliomas
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Sample size and diffuse glioma subsets of various cohorts used in this study. Table S2. List of differentially methylated CpGs between LGG IDH mutant and WT used as PAM input in the training (TCGA) set. Table S3A. List of the 14 CpG methylation signatures for LGG IDH mutant versus IDH WT in the test set (TCGA) and validation set (GSE48462). Table S3B. List of the 14 CpG methylation signatures for oligodendroglioma (ODG) versus diffuse astrocytoma (DA) in the test set (TCGA) and validation set (GSE48462). Table S4. List of differentially methylated CpGs between oligodendroglioma and diffuse astrocytoma used as PAM input in the training (TCGA) set. Table S5. List of 259 differentially methylated CpG probes between GBM IDH mutant and WT used as PAM input in the training (TCGA) set. Table S6. Molecular analysis of discordant samples identified by CpG methylation signatures. Table S7A. Molecular status for IDH, TP53, ATRX, and 1p/19q in LGG samples from TCGA used in this study. Table S7B. Molecular status for IDH, TP53, ATRX, and 1p/19q in LGG samples from GSE58218 used in this study. Table S7C. Molecular status for IDH, TP53, ATRX, and 1p/19q in LGG samples from GSE48462 used in this study. Table S8. Patient IDs of the discordant samples derived from all datasets used in this study. Table S9A. Molecular status of IDH, TP53, ATRX, EGFR, and PTEN in GBM samples from TCGA dataset used in this study. Table S9B. Molecular status of IDH, TP53, ATRX, EGFR, and PTEN in GBM samples from GSE38278 dataset used in this study. (ZIP 1601Â kb)
本研究所用各队列的样本量与弥漫性胶质瘤（diffuse glioma）亚组分布情况。 表S2：训练集（癌症基因组图谱，The Cancer Genome Atlas, TCGA）中，作为PAM模型输入的低级别胶质瘤（Low-grade glioma, LGG）IDH突变型与野生型（wild type, WT）之间的差异甲基化CpG位点列表。 表S3A：测试集（TCGA）与验证集（GSE48462）中，用于区分LGG IDH突变型与野生型的14个CpG甲基化特征位点列表。 表S3B：测试集（TCGA）与验证集（GSE48462）中，用于区分少突胶质细胞瘤（oligodendroglioma, ODG）与弥漫性星形细胞瘤（diffuse astrocytoma, DA）的14个CpG甲基化特征位点列表。 表S4：训练集（TCGA）中，作为PAM模型输入的少突胶质细胞瘤与弥漫性星形细胞瘤之间的差异甲基化CpG位点列表。 表S5：训练集（TCGA）中，作为PAM模型输入的胶质母细胞瘤（Glioblastoma Multiforme, GBM）IDH突变型与野生型之间的259个差异甲基化CpG探针列表。 表S6：经CpG甲基化特征位点识别出的不一致样本的分子分析结果。 表S7A：本研究使用的TCGA来源LGG样本中，IDH、TP53、ATRX及1p/19q的分子状态列表。 表S7B：本研究使用的GSE58218来源LGG样本中，IDH、TP53、ATRX及1p/19q的分子状态列表。 表S7C：本研究使用的GSE48462来源LGG样本中，IDH、TP53、ATRX及1p/19q的分子状态列表。 表S8：本研究使用的所有数据集来源的不一致样本的患者ID列表。 表S9A：本研究使用的TCGA数据集来源GBM样本中，IDH、TP53、ATRX、EGFR及PTEN的分子状态列表。 表S9B：本研究使用的GSE38278数据集来源GBM样本中，IDH、TP53、ATRX、EGFR及PTEN的分子状态列表。 （压缩包大小：1601 KB）
