Molecular dynamics simulation dataset

This dataset contains Molecular Dynamics trajectories of 9 endecapeptides, positioned in the pore construct. One trajectory is done in absence of any transolcating peptide. .xtc files correspond to the trajectories and the .gro files contain the corresponding structures, they can be viewed, for example, with VMD. Every trajectory is the concatenation of 8 trajectories, of 125 ns each, which differ for the orientation of the centrai side-chain with respect to the frame of the pore. The following name parts indicate the central residue. The 73-80 files correspond to the construct alone, taken as a reference. 1-8 trp; 9-16 tyr; 17-24 arg; 25-32 his; 33-40 glu; 41-48 gln; 49-56 ser; 57-64 ile; 65-72 gly; 73-80 no peptide.本数据集包含9种十一肽（endecapeptide）在孔道构建体中的分子动力学（Molecular Dynamics）模拟轨迹。另有一条轨迹未携带任何易位肽。 .xtc格式文件对应上述分子动力学模拟轨迹，.gro格式文件则存储对应的分子结构，此类文件可通过VMD等工具进行可视化查看。 每条完整轨迹均由8段时长为125纳秒（ns）的子轨迹拼接而成，各子轨迹的差异在于中心侧链相对于孔道框架的空间取向。文件名中的对应字段用于标识所研究的中心残基。其中编号73至80的文件对应仅含孔道构建体的空白样本，作为参照数据集使用。 1~8号文件对应色氨酸（trp）；9~16号文件对应酪氨酸（tyr）；17~24号文件对应精氨酸（arg）；25~32号文件对应组氨酸（his）；33~40号文件对应谷氨酸（glu）；41~48号文件对应谷氨酰胺（gln）；49~56号文件对应丝氨酸（ser）；57~64号文件对应异亮氨酸（ile）；65~72号文件对应甘氨酸（gly）；73~80号文件则不含任何肽链。