Srr606249 Spiked With Fungal And Viral Illumina Reads At 1X, 10X, And 100X
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SRR606249 spiked with fungal and viral Illumina reads at 1x, 10X, and 100X using the ART simulator. See also: https://osf.io/dm938/ and https://dahak-metagenomics.github.io/ Fungal and viral genomes used for computational spike-ins.<br> Kingdom Organism Accession Link<br> Fungus Candida albicans SC5314 NC_032089.1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=Candida+albicans<br> Fungus Cryptococcus neoformans var. grubii H99 NC_026745.1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=Cryptococcus+neoformans<br> Fungus Aspergillus fumigatus Af293 NC_007194.1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=Aspergillus+fumigatus<br> Fungus Histoplasma capsulatum NAm1 NW_001813913.1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=Histoplasma+capsulatum<br> Virus Human immunodeficiency virus 1 NC_001802.1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/10319<br> Virus Influenza A virus (A/New York/392/2004(H3N2)) NC_007373.1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/10290<br> Virus Marburg virus - Musoke, Kenya, 1980 NC_001608.3 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/5314<br> Virus Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 NC_002549.1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCF_000848505.1/
本数据集编号为SRR606249，采用ART测序模拟器（ART simulator）向其中掺入浓度分别为1×、10×与100×的真菌与病毒Illumina测序读段（Illumina reads）。 相关参考资料可参阅：https://osf.io/dm938/ 与 https://dahak-metagenomics.github.io/ 以下为用于计算机模拟人工掺入的真菌与病毒基因组信息： 界（Kingdom） 物种（Organism） 登录号（Accession） 链接（Link） 真菌（Fungus） 白色念珠菌SC5314（Candida albicans SC5314） NC_032089.1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=Candida+albicans 真菌 新生隐球菌格鲁比变种H99（Cryptococcus neoformans var. grubii H99） NC_026745.1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=Cryptococcus+neoformans 真菌 烟曲霉Af293（Aspergillus fumigatus Af293） NC_007194.1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=Aspergillus+fumigatus 真菌 荚膜组织胞浆菌NAm1（Histoplasma capsulatum NAm1） NW_001813913.1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=Histoplasma+capsulatum 病毒（Virus） 人类免疫缺陷病毒1型（Human immunodeficiency virus 1） NC_001802.1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/10319 病毒 甲型流感病毒（A/New York/392/2004(H3N2)） NC_007373.1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/10290 病毒 马尔堡病毒——肯尼亚穆索克株（1980年）（Marburg virus - Musoke, Kenya, 1980） NC_001608.3 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/5314 病毒 埃博拉病毒——扎伊尔梅扬加株（1976年）（Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976） NC_002549.1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCF_000848505.1/
