GPCRchimeraDB

Data uploaded to GPCRchimeraDB, as well as the data required to generate it. Overview: chimera_not_in_DB.xlsx: Excel file with non-classA and interclass designs (not on database) as well as designs not on database but to be considered. 2503_naturals.zip: Entry file of all natural GPCRs available in the database. 2503_chimeras.zip: Entry file of all chimeric GPCRs available in the database. 3Dstructures.zip: 3D structures and models, dssp files and mapping files related to the natural and chimeric entries. Files_required_generate_JSON: Files required to generate the entry files. Checkout the notebooks to see how this data is handled to obtain the JSON files: GitHub. In the manuscript we describe how this data was retrieved. PhylogeneticSublass.zip: Phylogenetic tree generated to extend the phylogenetic_based classification from PMID: 27028541. MasterAlignment.zip: Multiple Sequence Alignment of all mammalian GPCRs in GPCRchimeraDB. This MSA is used by the alignment tool of GPCRchimeraDB.已上传至GPCRchimeraDB数据库的数据，以及用于构建该数据库的原始数据。 数据集概览： chimera_not_in_DB.xlsx：包含非A类及跨类设计方案（未收录于本数据库），以及未收录于数据库但需纳入评估的设计方案的Excel文件。 2503_naturals.zip：本数据库收录的全部天然G蛋白偶联受体（GPCR）的条目文件。 2503_chimeras.zip：本数据库收录的全部嵌合G蛋白偶联受体的条目文件。 3Dstructures.zip：与天然及嵌合条目相关的三维结构、三维模型、dssp文件及映射文件。 Files_required_generate_JSON：生成数据库条目文件所需的配套源文件。可参考配套的Jupyter笔记本文档，了解如何处理该数据以生成JSON格式文件：GitHub。本研究手稿中详细阐述了该数据的获取途径。 PhylogeneticSublass.zip：为拓展基于系统发育的分类体系而构建的系统发育树，该分类体系源自文献PMID: 27028541。 MasterAlignment.zip：GPCRchimeraDB数据库收录的所有哺乳类G蛋白偶联受体的多序列比对（Multiple Sequence Alignment, MSA）文件。该多序列比对文件可供GPCRchimeraDB的序列比对工具调用使用。