Manual organelle segmentations (crop132) in near-isotropic, reconstructed volume electron microscopy (FIB-SEM) of mouse liver (jrc_mus-liver)

This acquisition is part of the CellMap 2024 Segmentation Challenge

- Challenge DOI: https://doi.org/10.25378/janelia.c.7456966

- Challenge Website: https://cellmapchallenge.janelia.org/

Annotation description: Dense segmentations of mitochondrial membrane, mitochondrial lumen, vesicle membrane, endosome membrane, vesicle lumen, mitochondrial ribosome, euchromatin, endoplasmic reticulum lumen, endoplasmic reticulum membrane, heterochromatin, nuclear pore in, nuclear pore out, nuclear envelope lumen, nuclear envelope membrane, nucleoplasm, cytosol, nucleus, vesicle, peroxisome membrane, peroxisome, peroxisome lumen, mitochondria, endoplasmic reticulum, nuclear envelope, nuclear pore, chromatin, cell, endoplasmic reticulum membrane collective, nuclear envelope membrane collective, endosome in jrc_mus-liver using Amira 3D 2021.1, Classic Segmentation Workroom and the 'Using Amira to manually segment organelles in vEM for machine learning V.3' annotation protocol.

Annotation ID: crop132

Primary Annotator: Woohyun Park

Annotation protocol: Using Amira to manually segment organelles in vEM for machine learning V.3 (http://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.bp2l61rb5vqe/v3)

Software: Amira 3D 2021.1, Classic Segmentation Workroom

Annotated voxel size (nm): 8 x 8 x 8 (x, y, z)

Annotated data dimensions (µm): 1.6 x 1.6 x 1.6 (x, y, z)

Annotated data offset (nm): 26576 x 45728 x 35544 (x, y, z)

Classes annotated: mitochondrial membrane, mitochondrial lumen, vesicle membrane, endosome membrane, vesicle lumen, mitochondrial ribosome, euchromatin, endoplasmic reticulum lumen, endoplasmic reticulum membrane, heterochromatin, nuclear pore in, nuclear pore out, nuclear envelope lumen, nuclear envelope membrane, nucleoplasm, cytosol, nucleus, vesicle, peroxisome membrane, peroxisome, peroxisome lumen, mitochondria, endoplasmic reticulum, nuclear envelope, nuclear pore, chromatin, cell, endoplasmic reticulum membrane collective, nuclear envelope membrane collective, endosome

Dataset URL: s3://janelia-cosem-datasets/jrc_mus-liver/jrc_mus-liver.zarr/recon-1/labels/groundtruth/crop132

Source (EM) dataset ID: jrc_mus-liver

Source (EM) voxel size (nm): 8 x 8 x 8 (x, y, z)

Source (EM) data dimensions (µm): 101.98 x 101.82 x 71.46 (x, y, z)

Source (EM) DOI: https://doi.org/10.25378/janelia.16913047

Visualization website: https://openorganelle.janelia.org/datasets/jrc_mus-liver

Publication: CellMap Segmentation Challenge, 2024.

The CellMap Project Team during this time consisted of: David Ackerman, Davis Bennett, Marley Bryant, Hannah Nguyen, Grace Park, Alyson Petruncio, Alannah Post, Jacquelyn Price, Diana Ramirez, Jeff Rhoades, Rebecca Vorimo, Aubrey Weigel, Marwan Zouinkhi, Yurii Zubov.

The CellMap Project Team Steering Committee during this time consisted of: Misha Ahrens, Christopher Beck, Teng-Leong Chew, Daniel Feliciano, Jan Funke, Harald Hess, Wyatt Korff, Jennifer Lippincott-Schwartz, Zhe J. Liu, Kayvon Pedram, Stephan Preibisch, Stephan Saalfeld, Ronald Vale, and Aubrey Weigel.

本次数据采集隶属于CellMap 2024图像分割挑战赛（CellMap 2024 Segmentation Challenge）
- 挑战赛DOI：https://doi.org/10.25378/janelia.c.7456966
- 挑战赛官网：https://cellmapchallenge.janelia.org/

注释说明：针对jrc_mus-liver样本完成如下结构的密集分割标注：线粒体膜（mitochondrial membrane）、线粒体腔（mitochondrial lumen）、囊泡膜（vesicle membrane）、内体膜（endosome membrane）、囊泡腔（vesicle lumen）、线粒体核糖体（mitochondrial ribosome）、常染色质（euchromatin）、内质网腔（endoplasmic reticulum lumen）、内质网膜（endoplasmic reticulum membrane）、异染色质（heterochromatin）、核孔内侧（nuclear pore in）、核孔外侧（nuclear pore out）、核被膜腔（nuclear envelope lumen）、核被膜膜（nuclear envelope membrane）、核质（nucleoplasm）、胞质溶胶（cytosol）、细胞核（nucleus）、囊泡（vesicle）、过氧化物酶体膜（peroxisome membrane）、过氧化物酶体（peroxisome）、过氧化物酶体腔（peroxisome lumen）、线粒体（mitochondria）、内质网（endoplasmic reticulum）、核被膜（nuclear envelope）、核孔（nuclear pore）、染色质（chromatin）、细胞（cell）、内质网膜集合（endoplasmic reticulum membrane collective）、核被膜集合（nuclear envelope membrane collective）、内体（endosome）。本次标注采用Amira 3D 2021.1、Classic Segmentation Workroom软件，以及《用于机器学习的体积电子显微镜（volume EM, vEM）细胞器手动分割V.3》标注规范完成。
- 标注ID：crop132
- 主要标注人员：Woohyun Park
- 标注规范：《用于机器学习的体积电子显微镜（volume EM, vEM）细胞器手动分割 V.3》（http://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.bp2l61rb5vqe/v3）
- 所用软件：Amira 3D 2021.1、Classic Segmentation Workroom
- 标注体素（voxel）尺寸（纳米）：8×8×8（x、y、z轴）
- 标注数据维度（微米）：1.6×1.6×1.6（x、y、z轴）
- 标注数据偏移量（纳米）：26576×45728×35544（x、y、z轴）
- 标注类别：线粒体膜（mitochondrial membrane）、线粒体腔（mitochondrial lumen）、囊泡膜（vesicle membrane）、内体膜（endosome membrane）、囊泡腔（vesicle lumen）、线粒体核糖体（mitochondrial ribosome）、常染色质（euchromatin）、内质网腔（endoplasmic reticulum lumen）、内质网膜（endoplasmic reticulum membrane）、异染色质（heterochromatin）、核孔内侧（nuclear pore in）、核孔外侧（nuclear pore out）、核被膜腔（nuclear envelope lumen）、核被膜膜（nuclear envelope membrane）、核质（nucleoplasm）、胞质溶胶（cytosol）、细胞核（nucleus）、囊泡（vesicle）、过氧化物酶体膜（peroxisome membrane）、过氧化物酶体（peroxisome）、过氧化物酶体腔（peroxisome lumen）、线粒体（mitochondria）、内质网（endoplasmic reticulum）、核被膜（nuclear envelope）、核孔（nuclear pore）、染色质（chromatin）、细胞（cell）、内质网膜集合（endoplasmic reticulum membrane collective）、核被膜集合（nuclear envelope membrane collective）、内体（endosome）
- 数据集访问地址：s3://janelia-cosem-datasets/jrc_mus-liver/jrc_mus-liver.zarr/recon-1/labels/groundtruth/crop132
- 原始电子显微镜（EM）数据集ID：jrc_mus-liver
- 原始电子显微镜（EM）体素（voxel）尺寸（纳米）：8×8×8（x、y、z轴）
- 原始电子显微镜（EM）数据维度（微米）：101.98×101.82×71.46（x、y、z轴）
- 原始电子显微镜（EM）数据集DOI：https://doi.org/10.25378/janelia.16913047
- 可视化网站：https://openorganelle.janelia.org/datasets/jrc_mus-liver
- 相关发表：CellMap Segmentation Challenge, 2024

本阶段CellMap项目团队成员包括：David Ackerman、Davis Bennett、Marley Bryant、Hannah Nguyen、Grace Park、Alyson Petruncio、Alannah Post、Jacquelyn Price、Diana Ramirez、Jeff Rhoades、Rebecca Vorimo、Aubrey Weigel、Marwan Zouinkhi、Yurii Zubov。

本阶段CellMap项目指导委员会成员包括：Misha Ahrens、Christopher Beck、Teng-Leong Chew、Daniel Feliciano、Jan Funke、Harald Hess、Wyatt Korff、Jennifer Lippincott-Schwartz、Zhe J. Liu、Kayvon Pedram、Stephan Preibisch、Stephan Saalfeld、Ronald Vale、Aubrey Weigel。