S68 | HSDBTPS | Transformation Products Extracted from HSDB Content in PubChem

This is the collection associated with list S68 HSDBTPS Transformation Products Extracted from HSDB Content in PubChem on the NORMAN Suspect List Exchange. https://www.norman-network.com/nds/SLE/ HSDBTPS is a list of metabolites / transformation products extracted from the "Metabolites/Metabolism" section from HSDB (Hazardous Substance Data Bank) in PubChem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/source/11933). Dataset DOI: 10.5281/zenodo.3827487. Entries automatically extracted from HSDB are manually validated to remove mismatching CIDs, and add additional CIDs not captured using the descriptions provided. Files are created with a default to not import any data until this has been checked. Please report any mismatches, despite best efforts it is possible that errors are present, all files are under version control so that entries can be corrected/updated/enhanced over time and recommitted. Code associated with this deposit is located here: https://git-r3lab.uni.lu/eci/pubchem/-/tree/master/annotations/tps/ Updates: 16 May 2020: Added the source file (extract of all HSDB Metabolites/Metabolism entries as is from JSON file), plus an updated S68_HSDBTPS_StructInfoOnly.csv with one new structure and renamed to include S68, plus the first draft of the Transformations table. 28 May 2020: added InChIKey and DIXSID files. 11 June 2020: added updated Transformations and Structure files to contain new CIDs and resulting reactions from new PubChem registrations. Dec 23, 2022: first dataset from Emma Palm added, using her TP curation app. DTXSID file dropped. 23 Mar 2023: added Biosystem and Enzyme columns, filling in biosystem where appropriate. 24 Mar 2023: new azo dye reactions from Emma Palm added. 1 Apr 2023: more azo dye reactions from Emma Palm. 4 Apr 2023: added new CIDs. 27 June 2023: added many new substances, including new CIDs (transformations to follow later).本数据集为NORMAN可疑物质列表交换平台（NORMAN Suspect List Exchange）上，从PubChem数据库的HSDB内容中提取得到的S68 HSDBTPS转化产物列表相关集合。HSDBTPS是从PubChem数据库（https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/source/11933）内的有害物质数据库（Hazardous Substance Data Bank, HSDB）的"代谢物/代谢"章节中提取得到的代谢物与转化产物列表。本数据集的数字对象标识符（Digital Object Identifier, DOI）为10.5281/zenodo.3827487。 从HSDB自动提取的条目均经过人工校验，以移除不匹配的化合物标识（Compound ID, CID），并补充通过现有描述未捕获到的额外CID。所有文件默认设置为不导入任何数据，直至完成上述校验。 若发现任何不匹配项，请及时反馈。尽管已尽最大努力，但仍可能存在疏漏；所有文件均纳入版本控制，以便后续对条目进行修正、更新与优化，并重新提交。 本数据集相关代码存放于以下地址：https://git-r3lab.uni.lu/eci/pubchem/-/tree/master/annotations/tps/ 更新记录： 2020年5月16日：新增源文件（即从JSON文件中直接导出的全部HSDB代谢物/代谢条目提取文件），同时更新了S68_HSDBTPS_StructInfoOnly.csv文件，新增1个结构信息并将文件重命名以包含S68标识，此外还发布了转化产物表的首个草稿版本。 2020年5月28日：新增InChI密钥（InChIKey）与DIXSID文件。 2020年6月11日：更新转化产物表与结构信息文件，纳入新PubChem注册条目对应的新增CID及由此产生的反应信息。 2022年12月23日：新增由Emma Palm通过其转化产物（Transformation Products, TP）整理工具提交的首个数据集，同时移除了DTXSID文件。 2023年3月23日：新增生物系统（Biosystem）与酶（Enzyme）列，并在合适的情况下补充了生物系统信息。 2023年3月24日：新增Emma Palm提交的新型偶氮染料反应数据。 2023年4月1日：新增更多Emma Palm提交的偶氮染料反应数据。 2023年4月4日：新增多个CID。 2023年6月27日：新增大量物质信息，包含新的CID（后续将补充对应的转化产物数据）。