[PART 3] Design, Synthesis, and Development of dual CatL-Main Pro Inhibitors of SARS-CoV-2

MD simulations of Mpro with respective inhibitors with different mutation backgrounds. For more details please check the respective JMC publication. 1291- Mpro 7TE0_WT_nirma 13A3 OPLS41292- Mpro 8H82_E166V_nirma 13A3 OPLS4 1293- Mpro 8H7W_S144M_nirma 13A3 OPLS4 (originally 8H7W is S144A)1294- Mpro WT FP237-xtal bound to 8n/FP238 non cov 13A3 OPLS41295- Mpro WT FP237-xtal bound to 8n/FP238 covbound 13A3 OPLS41296- Mpro E166V FP237-xtal bound to 8n/FP238 non cov 13A3 OPLS41297- Mpro E166V FP237-xtal bound to 8n/FP238 covbound 13A3 OPLS41298- Mpro S144M FP237-xtal bound to 8n/FP238 non cov 13A3 OPLS41299- Mpro S144M FP237-xtal bound to 8n/FP238 covbound 13A3 OPLS41300- Mpro 7TE0_WT_nirma (NON COV) 13A3 OPLS4 (200ns/day) - 10x200ns (gpu48_cov)本数据集包含不同突变背景下主蛋白酶（Main protease, Mpro）与对应抑制剂的分子动力学（Molecular Dynamics, MD）模拟数据。更多细节请查阅相关JMC期刊发表的研究论文。 1291号样本：主蛋白酶（Mpro）PDB编号7TE0的野生型（Wild Type, WT）结合抑制剂nirma，采用13A3力场与OPLS4力场进行模拟 1292号样本：主蛋白酶（Mpro）PDB编号8H82的E166V突变体结合抑制剂nirma，采用13A3力场与OPLS4力场进行模拟 1293号样本：主蛋白酶（Mpro）S144M突变体（原始PDB编号8H7W对应的突变为S144A）结合抑制剂nirma，采用13A3力场与OPLS4力场进行模拟 1294号样本：野生型主蛋白酶（Mpro）的FP237晶体结构结合非共价（non-covalent, non cov）抑制剂8n/FP238，采用13A3力场与OPLS4力场进行模拟 1295号样本：野生型主蛋白酶（Mpro）的FP237晶体结构结合共价结合（covalent bound, covbound）抑制剂8n/FP238，采用13A3力场与OPLS4力场进行模拟 1296号样本：E166V突变型主蛋白酶（Mpro）的FP237晶体结构结合非共价抑制剂8n/FP238，采用13A3力场与OPLS4力场进行模拟 1297号样本：E166V突变型主蛋白酶（Mpro）的FP237晶体结构结合共价结合抑制剂8n/FP238，采用13A3力场与OPLS4力场进行模拟 1298号样本：S144M突变型主蛋白酶（Mpro）的FP237晶体结构结合非共价抑制剂8n/FP238，采用13A3力场与OPLS4力场进行模拟 1299号样本：S144M突变型主蛋白酶（Mpro）的FP237晶体结构结合共价结合抑制剂8n/FP238，采用13A3力场与OPLS4力场进行模拟 1300号样本：PDB编号7TE0的野生型主蛋白酶（Mpro）结合非共价抑制剂nirma，采用13A3力场与OPLS4力场进行模拟；单轨迹模拟时长为200纳秒/天，共包含10条200纳秒轨迹（gpu48_cov为计算集群配置）