Negative instances for detecting LTR-Retrotransposons using Machine Learning

This dataset is composed of genomic features other than LTR-Retrotransposons (LTR_RTs), such as coding sequences (CDS), different types of RNA (e.g., mRNA, tRNA, non-coding RNA, among others), and other types of transposable elements that do not belong to LTR-RTs (e.g., TEs Class II, PLEs, DIRs, LINEs, and SINEs) from the same plant species contained in InpactorDB (DOI 10.5281/zenodo.4386316). These additional transposable element sequences were available in databases such as PGSB PlantsDB, Repbase (v. 20.05, 2017), RepetDB, Ensembl Plants, and JGI (Joint Genome Institute).本数据集由InpactorDB（DOI 10.5281/zenodo.4386316）收录的同一植物物种中，排除长末端重复序列逆转录转座子（LTR-Retrotransposons，LTR_RTs）之外的基因组特征组成，具体涵盖编码序列（Coding Sequences，CDS）、多种类型RNA（例如信使RNA（mRNA）、转运RNA（tRNA）、非编码RNA等），以及其他不属于LTR_RTs的转座因子（例如第二类转座因子（TEs Class II）、类佩内洛普元件（Penelope-like elements，PLEs）、DIRs、长散在核元件（Long Interspersed Nuclear Elements，LINEs）与短散在核元件（Short Interspersed Nuclear Elements，SINEs））。上述非LTR_RTs类转座因子序列可从PGSB植物数据库（PGSB PlantsDB）、Repbase重复序列数据库（版本20.05，2017年）、RepetDB、Ensembl植物数据库（Ensembl Plants）以及美国能源部联合基因组研究所（Joint Genome Institute，JGI）等公开数据库中获取。