Phylogenetic tree

Maximum Likelihood Phylogenetic tree generated from all the raw sequences from FastTree (Price et al, 2010, Plos one). The sequences were aligned to the SILVA NR99 database with SINA v1.2.11 (Pruesse et al, 2012, Bioinformatics). This was done in the software Silva ACT (Alignement, Classification and Tree service).

Model used : GTR, rates model for likelihoods: Gamma

本研究所用的最大似然系统发育树（Maximum Likelihood Phylogenetic tree）由FastTree工具生成的全部原始序列构建而来，相关参考文献为Price等人2010年发表于《公共科学图书馆·综合》(Plos one)的研究。序列通过SINA v1.2.11工具与SILVA NR99数据库完成比对，相关参考文献为Pruesse等人2012年发表于《生物信息学》(Bioinformatics)的研究。该序列比对操作通过Silva ACT软件（Alignement, Classification and Tree service）完成。

所用进化模型为GTR模型，似然率模型为Gamma模型。