<b>Towards evidence-based biodiversity assessment tools for agroforestry systems</b>

This documents contain the datasets and code being used in the research article: "Towards evidence-based biodiversity assessment tools for agroforestry systems".This contains data and R-code on:The meta-analyses that were reviewed:Full dataset - meta-analyses.csv (Full dataset - cleaned - not being used in most recent version of paper)Full dataset filtered - landscape interactions.csv (filtered dataset generated with R - not being used in most recent version of paper)Full dataset filtered - meta-analyses.csv (filtered dataset generated with R - not being used in most recent version of paper)Full dataset - meta-analyses - metrics.csv (dataset with relevant effect sizes)Full dataset - meta-analyses main effect sizes.csv (Full dataset)Full dataset - Overlap meta-analysis studies.csv (Reference overlap)<i>Clean coding - Meta-analysis metrics.rmd (Rcode for analyzing)</i><i>Meta-analysis metrics - recalculating effect sizes.R (functions for effect size recalculation)</i><i>Secondary_RR_analysis.R (functions for second-order analyses)</i>The questionnaire that was conducted:Full dataset - Questionnaire biodiversity.csv (Full dataset)<i>Clean coding - Questionnaire.rmd (Rcode for filtering and analyzing)</i>The biodiversity tools that were reviewed:Full dataset - tools.csv (Full dataset)Full dataset - Tools - NMDS.csv (Full dataset - NMDS ordination values)Full dataset - refs tools.xlsx (References tool query in WoS and Scopus)<i>Clean coding - Tools.rmd (Rcode for filtering and analyzing)</i>This work was supported by the DigitAF project (Grant Agreement N° 101059794), co-funded by the European Commission, European Research Agency, within the Horizon Europe programme.

本资料包含研究论文《面向农林业系统循证生物多样性评估工具》（*Towards evidence-based biodiversity assessment tools for agroforestry systems*）所使用的数据集与代码。

本资料涵盖以下元分析（meta-analysis）相关数据及R代码：
已梳理的元分析数据集包括：
- 完整数据集——元分析.csv（Full dataset - meta-analyses.csv，即已清洗的完整数据集，未在论文最新版本中使用）
- 筛选后数据集——景观交互作用.csv（Full dataset filtered - landscape interactions.csv，即通过R生成的筛选数据集，未在论文最新版本中使用）
- 筛选后数据集——元分析.csv（Full dataset filtered - meta-analyses.csv，即通过R生成的筛选数据集，未在论文最新版本中使用）
- 完整数据集——元分析——效应量.csv（Full dataset - meta-analyses - metrics.csv，即包含相关效应量的数据集）
- 完整数据集——元分析主效应量.csv（Full dataset - meta-analyses main effect sizes.csv，即完整数据集）
- 完整数据集——元分析研究重叠情况.csv（Full dataset - Overlap meta-analysis studies.csv，即研究参考文献重叠情况）
配套R代码文件包括：
- 《数据清洗——元分析效应量分析.Rmd》（Clean coding - Meta-analysis metrics.rmd，用于效应量分析的R代码）
- 《元分析效应量重计算.R》（Meta-analysis metrics - recalculating effect sizes.R，包含效应量重计算函数）
- 《二级比率比分析.R》（Secondary_RR_analysis.R，包含二级分析函数）

所开展的问卷调研相关内容包括：
- 完整数据集——问卷生物多样性.csv（Full dataset - Questionnaire biodiversity.csv，即完整数据集）
配套R代码文件为：
- 《数据清洗——问卷分析.Rmd》（Clean coding - Questionnaire.rmd，用于问卷数据筛选与分析的R代码）

所梳理的生物多样性评估工具相关内容包括：
- 完整数据集——工具列表.csv（Full dataset - tools.csv，即完整数据集）
- 完整数据集——工具——非度量多维标度（NMDS）.csv（Full dataset - Tools - NMDS.csv，即包含NMDS排序值的完整数据集）
- 工具参考文献.xlsx（Full dataset - refs tools.xlsx，即Web of Science与Scopus中工具检索的参考文献数据集）
配套R代码文件为：
- 《数据清洗——工具分析.Rmd》（Clean coding - Tools.rmd，用于工具数据筛选与分析的R代码）

本研究得到DigitAF项目（资助协议编号：101059794）资助，该项目由欧盟委员会、欧洲研究局通过地平线欧洲（Horizon Europe）计划联合资助。