Manual nuclei segmentations in near-isotropic, reconstructed volume electron microscopy (FIB-SEM) of SARS-COV-2-infected grivet kidney epithelial (Vero) cells (jrc_ccl81-covid-1)

<b>Annotation description</b>: Dense segmentations of nuclei in jrc_ccl81-covid-1 using Amira-Avizo (Thermo Fisher Scientific) and "Using Amira to manually segment organelles in vEM for machine learning V.3" protocol.<b>Annotation protocol</b>: Using Amira to manually segment organelles in vEM for machine learning V.3 (http://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.bp2l61rb5vqe/v3)<b>Software</b>: Amira 3D 2021.1, Classic Segmentation Workroom<b>Classes annotated</b>: Nuclei<b>Source (EM) dataset ID</b>: jrc_ccl81-covid-1<b>Source (EM) voxel size (nm)</b>: 4 x 4 x 4 (X, Y, Z)<b>Source (EM) data dimensions (µm)</b>: 15 x 20 x 25.8 (X, Y, Z)<b>Source (EM) DOI</b>: https://doi.org/10.25378/janelia.16638316<b>Dataset URL</b>: s3://janelia-cosem-datasets/jrc_ccl81-covid-1/jrc_ccl81-covid-1.zarr/recon-1/labels/inference/segmentations/nuc/<b>Visualization website</b>: https://openorganelle.janelia.org/datasets/jrc_ccl81-covid-1

标注说明：针对jrc_ccl81-covid-1数据集的细胞核密集分割结果，采用赛默飞世尔科技（Thermo Fisher Scientific）的Amira-Avizo软件，以及《使用Amira对虚拟电子显微镜（virtual Electron Microscopy, vEM）中的细胞器进行手动分割以用于机器学习 V.3》（Using Amira to manually segment organelles in vEM for machine learning V.3）协议完成。
标注协议：《使用Amira对虚拟电子显微镜（vEM）中的细胞器进行手动分割以用于机器学习 V.3》（http://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.bp2l61rb5vqe/v3）
所用软件：Amira 3D 2021.1、经典分割工作室（Classic Segmentation Workroom）
标注类别：细胞核（Nuclei）
电子显微镜源数据集ID：jrc_ccl81-covid-1
电子显微镜源数据体素尺寸（纳米）：4 × 4 × 4（X、Y、Z轴）
电子显微镜源数据维度（微米）：15 × 20 × 25.8（X、Y、Z轴）
电子显微镜源数据DOI：https://doi.org/10.25378/janelia.16638316
数据集访问地址：s3://janelia-cosem-datasets/jrc_ccl81-covid-1/jrc_ccl81-covid-1.zarr/recon-1/labels/inference/segmentations/nuc/
可视化网站：https://openorganelle.janelia.org/datasets/jrc_ccl81-covid-1