intermediate_files
收藏DataCite Commons2025-06-17 更新2025-05-07 收录
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Intermediate files generated in:"Exon inclusion signatures enable accurate estimation of splicing factor activity" Miquel Anglada-Girotto, Daniel F. Moakley, Chaolin Zhang, Samuel Miravet-Verde, Andrea Califano, Luis SerranobioRxiv 2024.06.21.600051; doi: https://doi.org/10.1101/2024.06.21.600051<br>intermediate_files/├── benchmark│ ├── genexpr_tpm_ena.tsv.gz│ ├── genexpr_tpm_encorekd.tsv.gz│ ├── genexpr_tpm_encoreko.tsv.gz│ ├── labels_ena.tsv.gz│ ├── labels_encorekd_hepg2.tsv.gz│ ├── labels_encorekd_k562.tsv.gz│ ├── labels_encoreko_hepg2.tsv.gz│ ├── labels_encoreko_k562.tsv.gz│ ├── metadata_ena.tsv.gz│ ├── metadata_encorekd.tsv.gz│ ├── metadata_encoreko.tsv.gz│ ├── psi_ena.tsv.gz│ ├── psi_encorekd.tsv.gz│ ├── psi_encoreko.tsv.gz│ ├── signatures_psi_ena.tsv.gz│ ├── signatures_psi_encorekd_hepg2.tsv.gz│ ├── signatures_psi_encorekd_k562.tsv.gz│ ├── signatures_psi_encoreko_hepg2.tsv.gz│ ├── signatures_psi_encoreko_k562.tsv.gz│ ├── signatures_tpm_ena.tsv.gz│ ├── signatures_tpm_encorekd_hepg2.tsv.gz│ ├── signatures_tpm_encorekd_k562.tsv.gz│ ├── signatures_tpm_encoreko_hepg2.tsv.gz│ └── signatures_tpm_encoreko_k562.tsv.gz├── datasets│ 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├── BLCA-EX.tsv.gz│ ├── BLCA-INT.tsv.gz│ ├── BRCA-ALTA.tsv.gz│ ├── BRCA-ALTD.tsv.gz│ ├── BRCA-EX.tsv.gz│ ├── BRCA-INT.tsv.gz│ ├── CESC-ALTA.tsv.gz│ ├── CESC-ALTD.tsv.gz│ ├── CESC-EX.tsv.gz│ ├── CESC-INT.tsv.gz│ ├── CHOL-ALTA.tsv.gz│ ├── CHOL-ALTD.tsv.gz│ ├── CHOL-EX.tsv.gz│ ├── CHOL-INT.tsv.gz│ ├── COAD-ALTA.tsv.gz│ ├── COAD-ALTD.tsv.gz│ ├── COAD-EX.tsv.gz│ ├── COAD-INT.tsv.gz│ ├── DLBC-ALTA.tsv.gz│ ├── DLBC-ALTD.tsv.gz│ ├── DLBC-EX.tsv.gz│ ├── DLBC-INT.tsv.gz│ ├── ESCA-ALTA.tsv.gz│ ├── ESCA-ALTD.tsv.gz│ ├── ESCA-EX.tsv.gz│ ├── ESCA-INT.tsv.gz│ ├── GBM-ALTA.tsv.gz│ ├── GBM-ALTD.tsv.gz│ ├── GBM-EX.tsv.gz│ ├── GBM-INT.tsv.gz│ ├── HNSC-ALTA.tsv.gz│ ├── HNSC-ALTD.tsv.gz│ ├── HNSC-EX.tsv.gz│ ├── HNSC-INT.tsv.gz│ ├── KICH-ALTA.tsv.gz│ ├── KICH-ALTD.tsv.gz│ ├── KICH-EX.tsv.gz│ ├── KICH-INT.tsv.gz│ ├── KIRC-ALTA.tsv.gz│ ├── KIRC-ALTD.tsv.gz│ ├── KIRC-EX.tsv.gz│ ├── KIRC-INT.tsv.gz│ ├── KIRP-ALTA.tsv.gz│ ├── KIRP-ALTD.tsv.gz│ ├── KIRP-EX.tsv.gz│ ├── KIRP-INT.tsv.gz│ ├── LAML-ALTA.tsv.gz│ ├── 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本数据集为论文《外显子包含特征可精准估算剪接因子活性》（"Exon inclusion signatures enable accurate estimation of splicing factor activity"）所生成的中间文件，作者为Miquel Anglada-Girotto、Daniel F. Moakley、Chaolin Zhang、Samuel Miravet-Verde、Andrea Califano、Luis Serrano，相关预印本发布于bioRxiv，编号为2024.06.21.600051，DOI：https://doi.org/10.1101/2024.06.21.600051
中间文件目录/
├── 基准测试集
│ ├── genexpr_tpm_ena.tsv.gz
│ ├── genexpr_tpm_encorekd.tsv.gz
│ ├── genexpr_tpm_encoreko.tsv.gz
│ ├── labels_ena.tsv.gz
│ ├── labels_encorekd_hepg2.tsv.gz
│ ├── labels_encorekd_k562.tsv.gz
│ ├── labels_encoreko_hepg2.tsv.gz
│ ├── labels_encoreko_k562.tsv.gz
│ ├── metadata_ena.tsv.gz
│ ├── metadata_encorekd.tsv.gz
│ ├── metadata_encoreko.tsv.gz
│ ├── psi_ena.tsv.gz
│ ├── psi_encorekd.tsv.gz
│ ├── psi_encoreko.tsv.gz
│ ├── signatures_psi_ena.tsv.gz
│ ├── signatures_psi_encorekd_hepg2.tsv.gz
│ ├── signatures_psi_encorekd_k562.tsv.gz
│ ├── signatures_psi_encoreko_hepg2.tsv.gz
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│ ├── signatures_tpm_ena.tsv.gz
│ ├── signatures_tpm_encorekd_hepg2.tsv.gz
│ ├── signatures_tpm_encorekd_k562.tsv.gz
│ ├── signatures_tpm_encoreko_hepg2.tsv.gz
│ └── signatures_tpm_encoreko_k562.tsv.gz
├── 公开数据集
│ ├── 可变剪接事件剪接百分比（Percent Spliced In, PSI）数据
│ │ ├── CardosoMoreira2020-ALTA.tsv.gz
│ │ ├── CardosoMoreira2020-ALTD.tsv.gz
│ │ ├── CardosoMoreira2020-EX.tsv.gz
│ │ ├── CardosoMoreira2020-INT.tsv.gz
│ │ ├── CCLE-ALTA.tsv.gz
│ │ ├── CCLE-ALTD.tsv.gz
│ │ ├── CCLE-EX.tsv.gz
│ │ ├── CCLE-INT.tsv.gz
│ │ ├── Lu2021-ALTA.tsv.gz
│ │ ├── Lu2021-ALTD.tsv.gz
│ │ ├── Lu2021-EX.tsv.gz
│ │ ├── Lu2021-INT.tsv.gz
│ │ ├── Nijhuis2020-ALTA.tsv.gz
│ │ ├── Nijhuis2020-ALTD.tsv.gz
│ │ ├── Nijhuis2020-EX.tsv.gz
│ │ ├── Nijhuis2020-INT.tsv.gz
│ │ ├── Riaz2017-ALTA.tsv.gz
│ │ ├── Riaz2017-ALTD.tsv.gz
│ │ ├── Riaz2017-EX.tsv.gz
│ │ └── Riaz2017-INT.tsv.gz
│ ├── TPM标准化基因表达数据（Transcripts Per Million, TPM）
│ │ ├── CardosoMoreira2020.tsv.gz
│ │ ├── CCLE.tsv.gz
│ │ ├── Lu2021.tsv.gz
│ │ ├── Nijhuis2020.tsv.gz
│ │ └── Riaz2017.tsv.gz
│ └── 样本元数据
│ ├── CardosoMoreira2020.tsv.gz
│ ├── CCLE.tsv.gz
│ ├── Lu2021.tsv.gz
│ ├── Nijhuis2020.tsv.gz
│ └── Riaz2017.tsv.gz
└── 癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA）模块
├── 可变剪接事件剪接百分比（Percent Spliced In, PSI）数据
│ ├── ACC-ALTA.tsv.gz
│ ├── ACC-ALTD.tsv.gz
│ ├── ACC-EX.tsv.gz
│ ├── ACC-INT.tsv.gz
│ ├── BLCA-ALTA.tsv.gz
│ ├── BLCA-ALTD.tsv.gz
│ ├── BLCA-EX.tsv.gz
│ ├── BLCA-INT.tsv.gz
│ ├── BRCA-ALTA.tsv.gz
│ ├── BRCA-ALTD.tsv.gz
│ ├── BRCA-EX.tsv.gz
│ ├── BRCA-INT.tsv.gz
│ ├── CESC-ALTA.tsv.gz
│ ├── CESC-ALTD.tsv.gz
│ ├── CESC-EX.tsv.gz
│ ├── CESC-INT.tsv.gz
│ ├── CHOL-ALTA.tsv.gz
│ ├── CHOL-ALTD.tsv.gz
│ ├── CHOL-EX.tsv.gz
│ ├── CHOL-INT.tsv.gz
│ ├── COAD-ALTA.tsv.gz
│ ├── COAD-ALTD.tsv.gz
│ ├── COAD-EX.tsv.gz
│ ├── COAD-INT.tsv.gz
│ ├── DLBC-ALTA.tsv.gz
│ ├── DLBC-ALTD.tsv.gz
│ ├── DLBC-EX.tsv.gz
│ ├── DLBC-INT.tsv.gz
│ ├── ESCA-ALTA.tsv.gz
│ ├── ESCA-ALTD.tsv.gz
│ ├── ESCA-EX.tsv.gz
│ ├── ESCA-INT.tsv.gz
│ ├── GBM-ALTA.tsv.gz
│ ├── GBM-ALTD.tsv.gz
│ ├── GBM-EX.tsv.gz
│ ├── GBM-INT.tsv.gz
│ ├── HNSC-ALTA.tsv.gz
│ ├── HNSC-ALTD.tsv.gz
│ ├── HNSC-EX.tsv.gz
│ ├── HNSC-INT.tsv.gz
│ ├── KICH-ALTA.tsv.gz
│ ├── KICH-ALTD.tsv.gz
│ ├── KICH-EX.tsv.gz
│ ├── KICH-INT.tsv.gz
│ ├── KIRC-ALTA.tsv.gz
│ ├── KIRC-ALTD.tsv.gz
│ ├── KIRC-EX.tsv.gz
│ ├── KIRC-INT.tsv.gz
│ ├── KIRP-ALTA.tsv.gz
│ ├── KIRP-ALTD.tsv.gz
│ ├── KIRP-EX.tsv.gz
│ ├── KIRP-INT.tsv.gz
│ ├── LAML-ALTA.tsv.gz
│ ├── LAML-ALTD.tsv.gz
│ ├── LAML-EX.tsv.gz
│ ├── LAML-INT.tsv.gz
│ ├── LGG-ALTA.tsv.gz
│ ├── LGG-ALTD.tsv.gz
│ ├── LGG-EX.tsv.gz
│ ├── LGG-INT.tsv.gz
│ ├── LIHC-ALTA.tsv.gz
│ ├── LIHC-ALTD.tsv.gz
│ ├── LIHC-EX.tsv.gz
│ ├── LIHC-INT.tsv.gz
│ ├── LUAD-ALTA.tsv.gz
│ ├── LUAD-ALTD.tsv.gz
│ ├── LUAD-EX.tsv.gz
│ ├── LUAD-INT.tsv.gz
│ ├── LUSC-ALTA.tsv.gz
│ ├── LUSC-ALTD.tsv.gz
│ ├── LUSC-EX.tsv.gz
│ ├── LUSC-INT.tsv.gz
│ ├── MESO-ALTA.tsv.gz
│ ├── MESO-ALTD.tsv.gz
│ ├── MESO-EX.tsv.gz
│ ├── MESO-INT.tsv.gz
│ ├── OV-ALTA.tsv.gz
│ ├── OV-ALTD.tsv.gz
│ ├── OV-EX.tsv.gz
│ ├── OV-INT.tsv.gz
│ ├── PAAD-ALTA.tsv.gz
│ ├── PAAD-ALTD.tsv.gz
│ ├── PAAD-EX.tsv.gz
│ ├── PAAD-INT.tsv.gz
│ ├── PCPG-ALTA.tsv.gz
│ ├── PCPG-ALTD.tsv.gz
│ ├── PCPG-EX.tsv.gz
│ ├── PCPG-INT.tsv.gz
│ ├── PRAD-ALTA.tsv.gz
│ ├── PRAD-ALTD.tsv.gz
│ ├── PRAD-EX.tsv.gz
│ ├── PRAD-INT.tsv.gz
│ ├── READ-ALTA.tsv.gz
│ ├── READ-ALTD.tsv.gz
│ ├── READ-EX.tsv.gz
│ ├── READ-INT.tsv.gz
│ ├── SARC-ALTA.tsv.gz
│ ├── SARC-ALTD.tsv.gz
│ ├── SARC-EX.tsv.gz
│ ├── SARC-INT.tsv.gz
│ ├── SKCM-ALTA.tsv.gz
│ ├── SKCM-ALTD.tsv.gz
│ ├── SKCM-EX.tsv.gz
│ ├── SKCM-INT.tsv.gz
│ ├── STAD-ALTA.tsv.gz
│ ├── STAD-ALTD.tsv.gz
│ ├── STAD-EX.tsv.gz
│ ├── STAD-INT.tsv.gz
│ ├── TGCT-ALTA.tsv.gz
│ ├── TGCT-ALTD.tsv.gz
│ ├── TGCT-EX.tsv.gz
│ ├── TGCT-INT.tsv.gz
│ ├── THCA-ALTA.tsv.gz
│ ├── THCA-ALTD.tsv.gz
│ ├── THCA-EX.tsv.gz
│ ├── THCA-INT.tsv.gz
│ ├── THYM-ALTA.tsv.gz
│ ├── THYM-ALTD.tsv.gz
│ ├── THYM-EX.tsv.gz
│ ├── THYM-INT.tsv.gz
│ ├── UCEC-ALTA.tsv.gz
│ ├── UCEC-ALTD.tsv.gz
│ ├── UCEC-EX.tsv.gz
│ ├── UCEC-INT.tsv.gz
│ ├── UCS-ALTA.tsv.gz
│ ├── UCS-ALTD.tsv.gz
│ ├── UCS-EX.tsv.gz
│ ├── UCS-INT.tsv.gz
│ ├── UVM-ALTA.tsv.gz
│ ├── UVM-ALTD.tsv.gz
│ ├── UVM-EX.tsv.gz
│ └── UVM-INT.tsv.gz
├── 基因表达计数数据
│ ├── ACC.tsv.gz
│ ├── BLCA.tsv.gz
│ ├── BRCA.tsv.gz
│ ├── CESC.tsv.gz
│ ├── CHOL.tsv.gz
│ ├── COAD.tsv.gz
│ ├── DLBC.tsv.gz
│ ├── ESCA.tsv.gz
│ ├── GBM.tsv.gz
│ ├── HNSC.tsv.gz
│ ├── KICH.tsv.gz
│ ├── KIRC.tsv.gz
│ ├── KIRP.tsv.gz
│ ├── LAML.tsv.gz
│ ├── LGG.tsv.gz
│ ├── LIHC.tsv.gz
│ ├── LUAD.tsv.gz
│ ├── LUSC.tsv.gz
│ ├── MESO.tsv.gz
│ ├── OV.tsv.gz
│ ├── PAAD.tsv.gz
│ ├── PCPG.tsv.gz
│ ├── PRAD.tsv.gz
│ ├── READ.tsv.gz
│ ├── SARC.tsv.gz
│ ├── SKCM.tsv.gz
│ ├── STAD.tsv.gz
│ ├── TGCT.tsv.gz
│ ├── THCA.tsv.gz
│ ├── THYM.tsv.gz
│ ├── UCEC.tsv.gz
│ ├── UCS.tsv.gz
│ └── UVM.tsv.gz
├── TPM标准化基因表达数据（Transcripts Per Million, TPM）
│ ├── ACC.tsv.gz
│ ├── BLCA.tsv.gz
│ ├── BRCA.tsv.gz
│ ├── CESC.tsv.gz
│ ├── CHOL.tsv.gz
│ ├── COAD.tsv.gz
│ ├── DLBC.tsv.gz
│ ├── ESCA.tsv.gz
│ ├── GBM.tsv.gz
│ ├── HNSC.tsv.gz
│ ├── KICH.tsv.gz
│ ├── KIRC.tsv.gz
│ ├── KIRP.tsv.gz
│ ├── LAML.tsv.gz
│ ├── LGG.tsv.gz
│ ├── LIHC.tsv.gz
│ ├── LUAD.tsv.gz
│ ├── LUSC.tsv.gz
│ ├── MESO.tsv.gz
│ ├── OV.tsv.gz
│ ├── PAAD.tsv.gz
│ ├── PCPG.tsv.gz
│ ├── PRAD.tsv.gz
│ ├── READ.tsv.gz
│ ├── SARC.tsv.gz
│ ├── SKCM.tsv.gz
│ ├── STAD.tsv.gz
│ ├── TGCT.tsv.gz
│ ├── THCA.tsv.gz
│ ├── THYM.tsv.gz
│ ├── UCEC.tsv.gz
│ ├── UCS.tsv.gz
│ └── UVM.tsv.gz
└── 样本元数据
├── ACC.tsv.gz
├── BLCA.tsv.gz
├── BRCA.tsv.gz
├── CESC.tsv.gz
├── CHOL.tsv.gz
├── COAD.tsv.gz
├── DLBC.tsv.gz
├── ESCA.tsv.gz
├── GBM.tsv.gz
├── HNSC.tsv.gz
├── KICH.tsv.gz
├── KIRC.tsv.gz
├── KIRP.tsv.gz
├── LAML.tsv.gz
├── LGG.tsv.gz
├── LIHC.tsv.gz
├── LUAD.tsv.gz
├── LUSC.tsv.gz
├── MESO.tsv.gz
├── OV.tsv.gz
├── PAAD.tsv.gz
├── PCPG.tsv.gz
├── PRAD.tsv.gz
├── READ.tsv.gz
├── SARC.tsv.gz
├── SKCM.tsv.gz
├── STAD.tsv.gz
├── TGCT.tsv.gz
├── THCA.tsv.gz
├── THYM.tsv.gz
├── UCEC.tsv.gz
├── UCS.tsv.gz
└── UVM.tsv.gz
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2025-01-22
