Simulation POPC_512_TM3_D2A_10_5up_5down_NaCl_150mM_310K_rep2 membrane

<strong>Title publication: </strong><em>A Ceramide-Regulated Element in the Late Endosomal Protein LAPTM4B Controls Amino Acid Transporter Interaction</em> <strong><strong>Year publication:</strong></strong><strong> </strong>2018 <strong>DOI publication: </strong>10.1021/acscentsci.7b00582 <strong>Description:</strong> Simulation POPC membrane containing ten LAPTM4B-TM3 with D2A mutation in the water phase using charmm36 at 310K. <strong>MD engine:</strong> gromacs 5.1.3-dev-20160627-f16daab <strong>Force field</strong>: charmm36 <strong>Temperature</strong>: 310 K <strong>Pressure:</strong> 1 bar <strong>Simulation time</strong>: 800 ns <strong>Saving frequency</strong>: 100 ps <strong>Molecular content</strong>: TM3_D2A 10<br> POPC 512<br> SOL 29366<br> NA 79<br> CL 79 <strong>Additional </strong><strong>information</strong>:<br> * Membrane containing LAPTM3_D2A peptides (Ac-AWIIPFFCYQIFDFALNMLVAITVLIY-NH2). D to A muation.【发表标题】：晚期内体蛋白（Late Endosomal Protein）LAPTM4B中的神经酰胺（Ceramide）调控元件调控氨基酸转运体（Amino Acid Transporter）的相互作用 【发表年份】：2018年 【发表DOI】：10.1021/acscentsci.7b00582 【数据集描述】：于310开尔文下使用charmm36力场，在水相中构建包含10个携带D2A突变的LAPTM4B-TM3的1-棕榈酰-2-油酰-sn-甘油-3-磷酸胆碱（POPC）膜模拟体系 【分子动力学引擎】：gromacs 5.1.3-dev-20160627-f16daab 【力场】：charmm36 【温度】：310开尔文 【压力】：1巴 【模拟时长】：800纳秒 【数据保存频率】：100皮秒 【体系分子组成】： TM3_D2A：10个 POPC：512个 SOL：29366个 NA：79个 CL：79个 【补充信息】： * 包含LAPTM3_D2A肽段（序列为Ac-AWIIPFFCYQIFDFALNMLVAITVLIY-NH2）的膜体系，该肽段存在天冬氨酸至丙氨酸（D→A）突变