TABLE 3 in Botryosphaeriaceae on palms-a new species of Neodeightonia, N. chamaeropicola, and new records from diseased foliage of ornamental palms in Portugal

TABLE 3. ML and BA analyses statistics results of the phylogenetic trees for each genus. BotryosphaeriaDiplodiaDothiorellaAnalysis 1Character 2(Figure 1)(Figure 2)(Figure 3)Final likelihood value-2231.851941-1888.282831-3335.303932Number of distinct alignment patterns199121287Percentage of undetermined characters or gaps5.99 %6.34 %13.42 %A0.2037580.2048490.204122Base frequenciesC G0.304203 0.2566240.299778 0.2619470.290760 0.251911MLT AC0.235414 0.9262380.233425 1.9304920.253208 1.733080AG4.1809624.3472214.841324Substitution ratesAT CG1.734633 0.9056502.028162 1.1994142.701129 0.938946CT5.55704612.7304997.289150GT1.0000001.0000001.000000Gamma distribution shape parameter α0.3412270.0713840.193466Tree-length0.3351270.2629840.837246Average SDSF/ PSRF0.009360/ 1.0030.009677/ 1.0020.009693/ 1.002Number of generations205 000185 000385 000BANumber of trees sampled Substitution models used*/ITS30 752 GTR+G+I/6627 752 K80+G/5657 752 HKY+G+I/102Number of unique sitetef1HKY+G/150GTR+G+I /83GTR+G+I/198patternstub2 #---NeodeightoniaNeofusicoccumSardiniellaAnalysis 1Character 2(Figure 4)(Figure 5)(Figure 6)Final likelihood value-2771.280446-5580.514259-1688.208070Number of distinct alignment patterns24142390Percentage of undetermined characters or gaps21.49 %11.66 %3.80 %A0.1988890.1973970.191305Base frequenciesC G0.311917 0.2694840.317145 0.2644480.307965 0.266993MLT AC0.219711 2.7371900.221009 0.8244460.233736 1.536468AG3.3647344.5181543.427787Substitution ratesAT CG1.224139 1.9499811.040991 0.9663991.290770 1.447349CT6.7461978.1603265.654281GT1.0000001.0000001.000000Gamma distribution shape parameter α0.3303640.2578940.223631Tree-length0.5684910.7948460.193846Average SDSF/ PSRF0.009598/ 1.0020.009953/ 1.0010.008896/ 1.006Number of generations290 0001 970 00015 000BANumber of trees sampled Substitution models used*/ITS43 502 GTR+G+I/132295 502 GTR+G+I/1142 252 HKY/31Number of unique sitetef1HKY+I/118HKY+G/185HKY+G/80patternstub2 #-GTR+G+I/132- 1 ML: Maximum Likelihood; BA: Bayesian Analysis. 2 ITS: partial cluster of nrRNA genes, including the nuclear 5.8S rRNA gene and its flanking internal transcribed spacer regions ITS1 and ITS2; PSRF: potential scale reduction factor; SDSF: standard deviation of split frequencies; tef1: partial translation elongation factor表3 各属系统发育树的最大似然（ML）与贝叶斯分析（BA）统计结果 ### 第一组属：葡萄座腔菌属（Botryosphaeria）、色二孢属（Diplodia）、壳梭孢属（Dothiorella），对应分析图1、图2、图3 1. 最终似然值：-2231.851941、-1888.282831、-3335.303932 2. 不同比对模式数：199、121、287 3. 未确定字符或空位占比：5.99%、6.34%、13.42% 4. 碱基频率： A：0.203758、0.204849、0.204122 C、G：0.304203、0.256624；0.299778、0.261947；0.290760、0.251911 5. 最大似然估计相关参数： AC相关值：0.235414、0.926238；0.233425、1.930492；0.253208、1.733080 AG替换率：4.180962、4.347221、4.841324 6. 替换率： AT、CG：1.734633、0.905650；2.028162、1.199414；2.701129、0.938946 CT：5.557046、12.730499、7.289150 GT：1.000000、1.000000、1.000000 7. Gamma分布形状参数α：0.341227、0.071384、0.193466 8. 树长：0.335127、0.262984、0.837246 9. 平均分裂频率标准差（SDSF）/势缩因子（PSRF）：0.009360/1.003、0.009677/1.002、0.009693/1.002 10. 分析世代数：205000、185000、385000 #### 贝叶斯分析（BA）部分 1. 采样树数与使用的替换模型： 葡萄座腔菌属：30752棵树，使用GTR+G+I模型；色二孢属：6627棵树，使用K80+G模型；壳梭孢属：752棵树，使用HKY+G+I模型 2. 特有位点模式： ITS区域：150（tef1区域HKY+G模型）、83（tef1区域GTR+G+I模型）、198（tef1区域GTR+G+I模型） 3. stub2：无对应数据 ### 第二组属：新隔孢属（Neodeightonia）、新壳梭孢属（Neofusicoccum）、撒丁孢属（Sardiniella），对应分析图4、图5、图6 1. 最终似然值：-2771.280446、-5580.514259、-1688.208070 2. 不同比对模式数：2414、2390、（原文未明确第三组数值，保留原排版） 3. 未确定字符或空位占比：21.49%、11.66%、3.80% 4. 碱基频率： A：0.198889、0.197397、0.191305 C、G：0.311917、0.269484；0.317145、0.264448；0.307965、0.266993 5. 最大似然估计相关参数： AC相关值：0.219711、2.737190；0.221009、0.824446；0.233736、1.536468 AG替换率：3.364734、4.518154、3.427787 6. 替换率： AT、CG：1.224139、1.949981；1.040991、0.966399；1.290770、1.447349 CT：6.746197、8.160326、5.654281 GT：1.000000、1.000000、1.000000 7. Gamma分布形状参数α：0.330364、0.257894、0.223631 8. 树长：0.568491、0.794846、0.193846 9. 平均分裂频率标准差（SDSF）/势缩因子（PSRF）：0.009598/1.002、0.009953/1.001、0.008896/1.006 10. 分析世代数：290000、1970000、15000 #### 贝叶斯分析（BA）部分 1. 采样树数与使用的替换模型： 新隔孢属：43502棵树，使用GTR+G+I模型；新壳梭孢属：295502棵树，使用GTR+G+I模型；撒丁孢属：2252棵树，使用HKY模型 2. 特有位点模式： ITS区域：132、114、31；tef1区域：118（HKY+I模型）、185（HKY+G模型）、80（HKY+G模型） 3. stub2：新隔孢属无对应数据，新壳梭孢属无对应数据，撒丁孢属对应GTR+G+I/132 --- 注释： 1. ML：最大似然（Maximum Likelihood）；BA：贝叶斯分析（Bayesian Analysis）。 2. ITS：nrRNA基因的部分片段，包含核基因组5.8S rRNA基因及其侧翼的内转录间隔区ITS1和ITS2；PSRF：势缩因子（potential scale reduction factor）；SDSF：分裂频率标准差（standard deviation of split frequencies）；tef1：部分翻译延伸因子基因片段。