Comparison of coastal phytoplankton composition estimated from the V4 and V9 regions of 18S rRNA gene with a focus on Chlorophyta

Name: Comparison of coastal phytoplankton composition estimated from the V4 and V9 regions of 18S rRNA gene with a focus on Chlorophyta
Creator: figshare
Published: 2020-09-03 11:37:22
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DataCite Commons2020-09-03 更新2024-07-25 收录

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Supplementary data 1. Mothur script for sequence analysis Supp. data 2. Fasta file of Chlorophyta OTUs for V4 Supp. data 3. Fasta file of Chlorophyta OTUs for V9 Supp. data 4. Chlorophyta OTUs for V4 with assignation and read abundance at the different stations (Excel file). Supp. data 5. Chlorophyta OTUs for V9 with assignation and read abundance at the different stations (Excel file). Supp. data 6. Top 10 BLAST hits against Genbank nr database for Chlorophyta V4 OTUs. Red lines correspond to OTUs badly assigned to non Chlorophyta and green corresponds to OTUs badly assigned to another Chlorophyta representative. Supp. data 7. Top 10 BLAST hits against Genbank nr database for Chlorophyta V9 OTUs. Red lines correspond to OTUs badly assigned to non Chlorophyta and green lines corresponds to OTUs badly assigned to another Chlorophyta representative.

补充数据1：用于序列分析的Mothur脚本 补充数据2：V4区绿藻门（Chlorophyta）操作分类单元（OTUs）的FASTA格式文件 补充数据3：V9区绿藻门（Chlorophyta）操作分类单元（OTUs）的FASTA格式文件 补充数据4：包含不同站位分类注释与读长丰度信息的V4区绿藻门（Chlorophyta）操作分类单元（OTUs）数据（Excel格式文件） 补充数据5：包含不同站位分类注释与读长丰度信息的V9区绿藻门（Chlorophyta）操作分类单元（OTUs）数据（Excel格式文件） 补充数据6：绿藻门（Chlorophyta）V4区OTUs与GenBank非冗余（nr）数据库比对得到的前10条碱基局部比对搜索工具（BLAST）结果。其中红色线条代表注释错误的OTUs（被错误归类为非绿藻门），绿色线条代表注释错误的OTUs（被错误归类为其他绿藻门代表序列） 补充数据7：绿藻门（Chlorophyta）V9区OTUs与GenBank非冗余（nr）数据库比对得到的前10条BLAST结果。其中红色线条代表注释错误的OTUs（被错误归类为非绿藻门），绿色线条代表注释错误的OTUs（被错误归类为其他绿藻门代表序列）

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figshare

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2017-09-01