HARP Analysis of cryoEM Structures in the PDB

HARP_results.hdf5 contains the results of a hierarchical atomic resolution perception (HARP) calculation on each of the cryoEM structures deposited in the Protein Data Bank (PDB) prior to January 1, 2023. Top-level group names are the PDB IDs of the structures. HDF5 group attributes for each entry are certain metadata extracted from the mmCIF files associated with each entry. HDF5 datasets within each group are indexed relative to each other (i.e., are of the same length). They are: authids (char): the author deposited ID of each residue (e.g., "114") chains (char): the chain ID of each residue (e.g., "AC") resids (int): the residue index of each residue (e.g., 12) renames (char): the residue name of each residue (e.g., "cys") probs (double): the HARP probability value, P, for each residue (e.g., 0.897)HARP_results.hdf5 包含了针对2023年1月1日前存入蛋白质数据银行（Protein Data Bank，PDB）的所有冷冻电镜（cryo-electron microscopy，cryoEM）结构所执行的分层原子分辨率感知（hierarchical atomic resolution perception，HARP）计算的结果。该文件的顶层组名称为对应结构的PDB编号。每个条目的HDF5组属性，为从该条目关联的大分子晶体学信息文件（macromolecular Crystallographic Information File，mmCIF）中提取的部分元数据。每个组内的HDF5数据集相互间存在索引对应关系（即各数据集长度一致），具体如下： authids（字符型）：每个残基的作者提交编号（示例："114"） chains（字符型）：每个残基所属的链编号（示例："AC"） resids（整型）：每个残基的残基索引（示例：12） renames（字符型）：每个残基的残基名称（示例："cys"） probs（双精度浮点型）：每个残基对应的HARP概率值P（示例：0.897）