Nov2023 reference datasets for Mitohelper

Reference datasets (Nov2023 update) for Mitohelper (https://github.com/aomlomics/mitohelper)
Mitohelper is a repository built to facilitate experimental design, alignment visualization, and reference sequence analysis in fish eDNA studies. Refer to our paper and Mitohelper's wiki for database construction pipeline.
I. Reference database files in tab-separated format, containing gene, taxonomy, and sequence information:

mitofish.all.Nov2023.tsv (833,874 records)
mitofish.12S.Nov2023.tsv (53,327 records)
mitofish.12S.Nov2023_NR.fasta (FASTA file of 12S rRNA gene records)
mitofish.COI.Nov2023.tsv (341,242 records)
II. De-replicated QIIME 2-compatible 12S/12S+16S+18S rRNA reference datasets:

12S-seqs-derep-uniq.qza
12S-tax-derep-uniq.qza
12S-16S-18S-seqs.qza
12S-16S-18S-tax.qza
If you use Mitohelper, please cite:Jean Lim, S, Thompson, LR. Mitohelper: A mitochondrial reference sequence analysis tool for fish eDNA studies. Environmental DNA. 2021; 00: 1– 10.  https://doi.org/10.1002/edn3.187

Mitohelper（https://github.com/aomlomics/mitohelper）的参考数据集（2023年11月更新版）

Mitohelper是为助力鱼类环境DNA（environmental DNA, eDNA）研究中的实验设计、序列比对可视化及参考序列分析而搭建的代码仓库。有关数据库构建流程，请参阅我们的研究论文及Mitohelper的维基页面。

I. 制表符分隔格式的参考数据库文件，包含基因信息、分类学信息及序列信息：
mitofish.all.Nov2023.tsv（包含833,874条记录）
mitofish.12S.Nov2023.tsv（包含53,327条记录）
mitofish.12S.Nov2023_NR.fasta（12S核糖体RNA（12S rRNA）基因记录的FASTA文件）
mitofish.COI.Nov2023.tsv（包含341,242条记录，COI为细胞色素C氧化酶亚基I（Cytochrome C Oxidase Subunit I）的缩写）

II. 去冗余适配QIIME 2的12S/12S+16S+18S核糖体RNA（rRNA）参考数据集：
12S-seqs-derep-uniq.qza
12S-tax-derep-uniq.qza
12S-16S-18S-seqs.qza
12S-16S-18S-tax.qza

若您使用Mitohelper，请引用如下文献：Jean Lim, S, Thompson, LR. Mitohelper：一款面向鱼类环境DNA研究的线粒体参考序列分析工具。《Environmental DNA》，2021，00：1–10. https://doi.org/10.1002/edn3.187