Global Biotic Interactions: Taxon Graph

Global Biotic Interactions: Taxon Cache and Taxon Map Global Biotic Interactions (GloBI) provides access to existing species interaction datasets (Poelen et al. 2014, http://globalbioticinteractions.org). As part of the dataset integration and aggregation, a best effort is made to resolve, match and link taxonomic names and associated vernacular/common names, hierarchies and thumbnails. The data archives included in this publication contain established taxonomic links (taxonMap.tsv.gz) and taxonomic information (taxonCache.tsv.gz) that GloBI retrieved and integrated from taxonomic name sources and web services associated with http://itis.gov, http://globalnames.org, http://eol.org and others open data services. While GloBI is not a naming authority and the primary goal of the name matching process is to detect incorrect or outdates names, the archives may serve as an example of how to publish denormalized taxonomic records and their interrelatioships in a pragmatic way. For related discussion threads, see https://github.com/jhpoelen/eol-globi-data/issues/145 , https://github.com/jhpoelen/eol-globi-data/issues/274 , https://github.com/jhpoelen/eol-globi-data/issues/70 , https://github.com/EOL/tramea/issues/10 and https://github.com/jhpoelen/eol-globi-data/issues/274 . Files<br> <br> README <br> this file<br> <br> taxonCache.tsv.gz <br> Taxonomic name, ids, hierarchies, common names and thumbnail associated to taxa known to GloBI. Accessed at https://depot.globalbioticinteractions.org/datasets/org/globalbioticinteractions/taxon/0.4.2/taxon-0.4.2.zip on 5 March 2018.<br> <br> taxonCacheFirst10.tsv<br> Header and 10 following lines from taxonCache.tsv.gz.<br> <br> taxonMap.tsv.gz <br> Links between taxon name and ids across various taxon providers. Accessed at https://depot.globalbioticinteractions.org/datasets/org/globalbioticinteractions/taxon/0.4.2/taxon-0.4.2.zip on 5 March 2018. taxonMapFirst10.tsv<br> Header and 10 following lines from taxonMap.tsv.gz.<br> <br> prefixes.tsv<br> Term prefixes and their associated uri schemes. Column Descriptions taxonCache.tsv.gz 1 | id<br> 2 | name<br> 3 | rank<br> 4 | commonNames<br> 5 | path<br> 6 | pathIds <br> 7 | pathNames<br> 8 | externalUrl<br> 9 | thumbnailUrl<br> <br> taxonMap.tsv.gz 1 | providedTaxonId<br> 2 | providedTaxonName<br> 3 | resolvedTaxonId<br> 4 | resolvedTaxonName References Jorrit H. Poelen, James D. Simons and Chris J. Mungall. (2014). Global Biotic Interactions: An open infrastructure to share and analyze species-interaction datasets. Ecological Informatics. http://dx.doi.org/10.1016/j.ecoinf.2014.08.005. Updates 2018-03-02<br> version: 0.3.0 This taxon archive version was created by taking GloBI taxon v0.2 (Jan 2018) and appending a semi-automatically created WikiData taxon mapping and taxon cache. 2018-03-05<br> version: 0.4.1 Taxon Cache/Map created by merging WikiData map/cache with globalbioticinteractions.org:taxon:0.1 . Same as v0.4 with corrected taxonCache header that includes commonNames. 2018-03-05<br> version: 0.4.2 was created by: taking globi taxon 0.4.1 <br> extracting all interaction names using elton<br> matching all taxon 0.4.1 using nomer<br> matching all unresolved taxa using nomer with "globi-globalnames" matcher Then, to create taxonMap and taxonCache,<br> resulting SAME_AS and SYNONYM_OF external ids were mapped to wikidata ids using taxon-wikidata 0.4.1<br> split columns to produce taxonMap and taxonCache<br> These taxonMap and taxonCache files were then appended to the 0.4.1 cache.全球生物交互（Global Biotic Interactions, GloBI）：类群缓存与类群映射表 全球生物交互数据库（Global Biotic Interactions，以下简称GloBI）可获取已有的物种交互数据集（Poelen等，2014，http://globalbioticinteractions.org）。在数据集整合与聚合过程中，本项目尽最大努力对分类学名称及其关联的通用名/俗名、分类层级与缩略图进行解析、匹配与关联。 本出版物附带的数据归档文件包含已构建的分类学关联表（taxonMap.tsv.gz）与分类学信息缓存（taxonCache.tsv.gz），这些数据由GloBI从分类学名称数据源及关联的http://itis.gov、http://globalnames.org、http://eol.org等开放数据服务的Web接口中获取并整合而来。 尽管GloBI并非命名权威机构，且名称匹配流程的核心目标是识别错误或过时的分类名称，但本归档文件仍可作为以务实方式发布非规范化分类学记录及其相互关系的示例参考。 相关讨论线程请参见：https://github.com/jhpoelen/eol-globi-data/issues/145、https://github.com/jhpoelen/eol-globi-data/issues/274、https://github.com/jhpoelen/eol-globi-data/issues/70、https://github.com/EOL/tramea/issues/10 及 https://github.com/jhpoelen/eol-globi-data/issues/274。 文件列表 README 本说明文件 taxonCache.tsv.gz 包含GloBI所收录类群的分类学名称、标识符、分类层级、通用名及缩略图。该数据于2018年3月5日从https://depot.globalbioticinteractions.org/datasets/org/globalbioticinteractions/taxon/0.4.2/taxon-0.4.2.zip 获取。 taxonCacheFirst10.tsv taxonCache.tsv.gz的文件头及前10行数据样本。 taxonMap.tsv.gz 跨不同类群数据源的分类名称与标识符之间的关联映射表。该数据于2018年3月5日从https://depot.globalbioticinteractions.org/datasets/org/globalbioticinteractions/taxon/0.4.2/taxon-0.4.2.zip 获取。 taxonMapFirst10.tsv taxonMap.tsv.gz的文件头及前10行数据样本。 prefixes.tsv 术语前缀及其关联的URI协议。 列说明 taxonCache.tsv.gz 1 | id → 1 | 类群标识符 2 | name → 2 | 类群名称 3 | rank → 3 | 分类等级 4 | commonNames → 4 | 通用名 5 | path → 5 | 分类层级路径 6 | pathIds → 6 | 层级路径标识符 7 | pathNames → 7 | 层级路径名称 8 | externalUrl → 8 | 外部链接 9 | thumbnailUrl → 9 | 缩略图链接 taxonMap.tsv.gz 1 | providedTaxonId → 1 | 输入类群标识符 2 | providedTaxonName → 2 | 输入类群名称 3 | resolvedTaxonId → 3 | 匹配后类群标识符 4 | resolvedTaxonName → 4 | 匹配后类群名称 参考文献 Jorrit H. Poelen、James D. Simons 与 Chris J. Mungall（2014）：《全球生物交互：用于共享与分析物种交互数据集的开放基础设施》，发表于《生态信息学》（Ecological Informatics），http://dx.doi.org/10.1016/j.ecoinf.2014.08.005。 更新日志 2018-03-02 版本：0.3.0 本版类群归档文件基于GloBI类群v0.2（2018年1月）构建，新增了半自动生成的维基数据（WikiData）类群映射表与类群缓存。 2018-03-05 版本：0.4.1 本版类群缓存/映射表通过合并维基数据映射表/缓存与globalbioticinteractions.org:taxon:0.1构建而成。与v0.4版本相比，本版本修正了包含通用名字段的taxonCache文件头。 2018-03-05 版本：0.4.2 本版本构建流程如下： 1. 以globi类群0.4.1为基础 2. 使用elton工具提取所有交互名称 3. 使用nomer工具匹配所有0.4.1版类群 4. 使用nomer的"globi-globalnames"匹配器匹配所有未解析的类群 随后，为构建taxonMap与taxonCache： 5. 通过taxon-wikidata 0.4.1工具，将生成的SAME_AS与SYNONYM_OF类型外部标识符映射为维基数据标识符 6. 拆分字段以分别生成taxonMap与taxonCache文件 7. 将生成的taxonMap与taxonCache文件追加至0.4.1版缓存中。