SIRAH-CoV2 initiative: RNA-dependent RNA polymerase in complex with cofactors Nsp7 and Nsp8 (PDB id:7BTF)

This dataset contains the trajectory of a 10 microseconds-long coarse-grained molecular dynamics simulation of SARS-CoV2 RNA-dependent RNA polymerase in complex with cofactors Nsp7 and Nsp8 and Zinc (PDB id: 7BTF). Simulations have been performed using the SIRAH force field running with the Amber18 package at the Uruguayan National Center for Supercomputing (ClusterUY) under the conditions reported in Machado et al. JCTC 2019, adding 150 mM NaCl according to Machado & Pantano JCTC 2020. Zinc ions were parameterized as reported in Klein et al. 2020.

The files 7BTF_SIRAHcg_rawdata_0-2us.tar,  7BTF_SIRAHcg_rawdata_2-6us.tar, and 7BTF_SIRAHcg_rawdata_6-10us.tar, contain all the raw information required to visualize (on VMD), analyze, backmap, and eventually continue the simulations using Amber18 or higher. Step-By-Step tutorials for running, visualizing, and analyzing CG trajectories using SirahTools can be found at www.sirahff.com.

Additionally, the file 7BTF_SIRAHcg_10us_prot.tar contains only the protein coordinates, while 7BTF_SIRAHcg_10us_prot_skip10ns.tar contains one frame every 10ns.

To take a quick look at the trajectory:

1- Untar the file 7BTF_SIRAHcg_10us_prot_skip10ns.tar

2- Open the trajectory on VMD 1.9.3 using the command line:

vmd 7BTF_SIRAHcg_prot.prmtop 7BTF_SIRAHcg_prot.ncrst 7BTF_SIRAHcg_prot_10us_skip10ns.nc -e sirah_vmdtk.tcl

Note that you can use normal VMD drawing methods as vdw, licorice, etc., and coloring by restype, element, name, etc. 

This dataset is part of the SIRAH-CoV2 initiative.

For further details, please contact Martin Soñora ([e-mail]) Sergio Pantano ([e-mail]).

本数据集包含严重急性呼吸综合征冠状病毒2型（SARS-CoV2）RNA依赖RNA聚合酶与辅助因子Nsp7、Nsp8及锌离子形成的复合物的10微秒粗粒度分子动力学（coarse-grained molecular dynamics）模拟轨迹，该复合物对应的蛋白质数据库（Protein Data Bank, PDB）编号为7BTF。本模拟采用SIRAH力场（SIRAH force field），依托Amber18软件包运行，于乌拉圭国家超级计算中心（ClusterUY）完成；模拟条件参考Machado等人2019年发表于《Journal of Chemical Theory and Computation》（JCTC）的研究，并按照Machado与Pantano 2020年发表于JCTC的工作添加了150 mM氯化钠（NaCl）。锌离子的参数化方案参考了Klein等人2020年的研究。

文件7BTF_SIRAHcg_rawdata_0-2us.tar、7BTF_SIRAHcg_rawdata_2-6us.tar及7BTF_SIRAHcg_rawdata_6-10us.tar包含了所有可用于在可视化分子动力学软件（Visual Molecular Dynamics, VMD）中进行可视化、分析、反向映射（backmap），以及最终使用Amber18或更高版本软件继续运行模拟所需的原始数据。使用SirahTools运行、可视化并分析粗粒度（CG）模拟轨迹的分步教程可访问www.sirahff.com获取。

此外，文件7BTF_SIRAHcg_10us_prot.tar仅包含蛋白质坐标，而7BTF_SIRAHcg_10us_prot_skip10ns.tar则每10纳秒提取一帧轨迹。

快速查看轨迹的步骤如下：
1- 解压文件7BTF_SIRAHcg_10us_prot_skip10ns.tar
2- 在VMD 1.9.3中通过命令行打开轨迹：
vmd 7BTF_SIRAHcg_prot.prmtop 7BTF_SIRAHcg_prot.ncrst 7BTF_SIRAHcg_prot_10us_skip10ns.nc -e sirah_vmdtk.tcl

注：可使用VMD常规绘图方法，如范德华（van der Waals, vdw）、键线式（licorice）等，并按照残基类型、元素、原子名称等进行着色。

本数据集属于SIRAH-CoV2研究计划。

如需进一步详情，请联系Martin Soñora（[e-mail]）与Sergio Pantano（[e-mail]）。