MD simulation of POPC bilayer with OPLS3e force field, 1000 mM NaCl part 1

MD simulation of POPC (1-palmitoyl-2-oleoyl-phosphatidylcholine) bilayer with OPLS3e force field, 1000 mM NaCl part 1 (0-500ns)

Dataset contains trajectories (_trj) for the first 500ns of the 1000ns trajectory, topology (-out.cms), input files (.cfg, .msj, .cms), and other files.

For the ease of the upload, trajectory files (_trj) are divided to 100ns pieces and tarred (named desmond_md_nacl1000_x-xns.tar.gz)

Dataset also contains Gromacs converted files (.xtc, .gro and .top) 

System: POPC bilayer in water

Number of lipids: 200 (100/leaflet)

Number of waters: 8880

Salt: NaCl

Concentration: 1000 mM

Number of cations: 160

Simulation time: 1000 ns (in this dataset 0-500ns of original trajectories)

Simulation engine: Desmond 2019-4

Temperature: 300 K

Related dataset: MD simulation of POPC bilayer with OPLS3e force field, 1000 mM NaCl part 2

In contrast to previous version, this version contains gromacs format trajectory file .xtc with corrected time steps.

基于OPLS3e力场的1-棕榈酰-2-油酰基卵磷脂（POPC）双层膜的分子动力学（MD）模拟数据集，对应1000 mM氯化钠体系的第一部分（0~500 ns）。
本数据集包含该1000 ns模拟轨迹的前500 ns轨迹文件（_trj后缀）、拓扑文件（-out.cms）、输入文件（.cfg、.msj、.cms）及其他辅助文件。
为便于上传，轨迹文件（_trj）被拆分为100 ns的片段并打包为tar.gz格式（命名格式为desmond_md_nacl1000_x-xns.tar.gz）。
本数据集同时包含经Gromacs转换后的文件（.xtc、.gro及.top）。
模拟体系：水溶液中的POPC双层膜
脂质分子数：200个（每层膜100个）
水分子数：8880个
盐组分：氯化钠（NaCl）
盐浓度：1000 mM
阳离子数：160个
模拟总时长：1000 ns（本数据集仅包含原始轨迹的0~500 ns部分）
模拟引擎：Desmond 2019-4
模拟温度：300 K
关联数据集：基于OPLS3e力场的1-棕榈酰-2-油酰基卵磷脂（POPC）双层膜1000 mM氯化钠体系分子动力学模拟数据集（第二部分）
与旧版本相比，本版本包含经校正时间步长的Gromacs格式轨迹文件.xtc。