Time-Calibrated Phylogenies of Hemiptera

Time-Calibrated Phylogenies of Hemiptera Using BEAST 2 This repository contains all input files and outputs used to infer time-calibrated phylogenetic trees based on mitochondrial and nuclear data using BEAST v2.6.3. Scripts are available at: https://github.com/marieblackbird/phylo_busco_concat Contents: BEAST_time_trees_zenodo.tar.gz: full BEAST analyses including XML input files, .log parameter traces, .trees outputs, consensus trees, and visualizations (PDF, SVG, PNG). BEAST_time_trees/├── mitochondrial/│ ├── runs/ # Individual BEAST runs (XML, log, .trees)│ ├── concatenated/ # Consensus trees and common ancestor heights│ └── figures/ # PDF, SVG, PNG visualizations of trees│├── nuclear/│ ├── runs/ # Individual BEAST runs (XML, log, .trees)│ ├── concatenated/ # Consensus trees and common ancestor heights│ └── figures/ # PDF, SVG, PNG visualizations of trees mito_sequences.fasta: aligned mitochondrial sequences used for BEAST analyses (41 species, 18,818 bp). nucl_sequences.fasta: aligned nuclear sequences used for BEAST analyses (51 BUSCO genes, 36,639 bp, 44 species). Datasets Mitochondrial dataset: mitochondrial sequences from publicly available assemblies, supplemented with sequences from our own species. 41 species in total Alignment length: 18,818 bp 23 outgroups from public databases 18 Rhodnius species from Filée et al. 2022 and Merle et al. submitted Nuclear dataset: 51 BUSCO coding genes (36.3 kb) from publicly available genomes and our own assemblies 44 species in total Alignment length: 36,639 bp 24 from public databases including Rhodnius prolixus reference (Mesquita et al., 2015) 20 Rhodnius species from Filée et al. 2022 and Merle et al. submitted Accession numbers of sequences used from public databases The table below lists all sequences retrieved from public databases that were used as outgroups or references in the analyses. Taxa Species mitochondrial ID genome ID |--------------|--------------------------------|-----------------|-----------------------|| Aleyrodoidea | Bemisia tabaci | MH714535.1 | GCF_001854935.1 || Aleyrodoidea | Trialeurodes vaporariorum | AY521265.2 | GCA_011764245.1 || Aphididae | Acyrthosiphon pisum | NC_011594.1 | GCF_005508785.1 || Aphididae | Aphis gossypii | MK994521.1 | GCF_004010815.1 || Aphididae | Cinara cedri | - | GCA_902439185.1 || Aphididae | Therioaphis tenera | MH643885.1 | - || Blattodea | Blattella germanica | EU854321.1 | GCA_003018175.1 || Blattodea | Coptotermes formosanus | NC_015800.1 | GCA_013340265.1 || Blattodea | Cryptotermes secundus | KP026283.1 | GCF_002891405.2 || Blattodea | Periplaneta americana | GU947663.1 | GCA_002939525.1 || Blattodea | Zootermopsis nevadensis | KJ958410.1 | GCF_000696155.1 || Cimicoidea | Cimex lectularius | JQ739180.1 | GCF_000648675.2 || Cimicoidea | Orius laevigatus | - | GCA_018703685.1 || Cimicoidea | Orius sauteri | KJ671626.1 | - || Cimicoidea | Gorpis humeralis | JF927830.1 | - || Miridae | Apolygus lucorum | KU234539.1 | GCA_009739505.2 || Miridae | Cyrtorhinus lividipennis | - | GCA_019603395.1 || Miridae | Nesidiocoris tenuis | JQ806057.1 | GCA_902806785.1 || Miridae | Pachypeltis micranthus | - | GCA_020466155.1 || Miridae | Trigonotylus caelestialium | KJ170899.1 | - || Miridae | Adelphocoris lineolatus | KJ020286.1 | - || Pentatomidae | Aelia acuminata | OU426986.1 | GCA_911387785.1 || Pentatomidae | Euschistus heros | MG253270.1 | GCA_003667255.1 || Pentatomidae | Halyomorpha halys | FJ685650.1 | GCF_000696795.2 || Pentatomidae | Stiretrus anchorago | - | GCA_010014745.1 || Pentatomidae | Picromerus lewisi | MW355499.1 | - || Triatomini | Panstrongylus lignarius | - | PRJNA395235.fa || Triatomini | Panstrongylus rufotuberculatus | MF614953.1 | - || Triatomini | Triatoma brasilliensis | - | - || Triatomini | Triatoma infestans | KY640305.1 | GCA_011037195.1 || Triatomini | Triatoma rubrofasciata | MH934953.1 | Triatoma_chr_assembly | BEAST Analyses Clock model: Lognormal relaxed clock Tree prior: Birth-Death Incomplete Sampling Calibration: 7 fossil calibration points (see Supplementary Table 3) Runs: 6 independent runs per dataset Generations: 10,000,000 per run, sampled every 1,000 generations Burn-in: 25% All other settings were default in BEAUti 2.6.3 Each independent run includes the XML input file, the `.log` of parameter traces, and the `.trees` output. Consensus trees were generated from concatenated runs using TreeAnnotator. Notes - Only publicly available sequences and our own assemblies were used. - HPC-specific scripts and temporary files have been removed. All necessary parameters are included in the XML files. - This repository contains all files required to reproduce the BEAST analyses and the resulting trees. Citation If you use these data, please cite the associated publication.基于BEAST 2的半翅目（Hemiptera）时间校准系统发育树 本仓库包含所有用于基于线粒体和核基因组数据，借助BEAST v2.6.3（BEAST）推断时间校准系统发育树的输入文件与输出结果。相关脚本存放于：https://github.com/marieblackbird/phylo_busco_concat ## 内容说明 ### 打包文件 BEAST_time_trees_zenodo.tar.gz：完整的BEAST分析文件包，内含XML格式输入文件、.log格式参数追踪文件、.trees格式输出文件、共识树（consensus tree）以及可视化文件（PDF、SVG、PNG）。 ### 目录结构 BEAST_time_trees/ ├── 线粒体数据分支/ │ ├── runs/ # 独立BEAST运行文件（包含XML、log、.trees文件） │ ├── concatenated/ # 共识树与共同祖先高度文件 │ └── figures/ # 系统发育树的PDF、SVG、PNG可视化文件 ├── 核基因组数据分支/ │ ├── runs/ # 独立BEAST运行文件（包含XML、log、.trees文件） │ ├── concatenated/ # 共识树与共同祖先高度文件 │ └── figures/ # 系统发育树的PDF、SVG、PNG可视化文件 ### 序列文件 mito_sequences.fasta：用于BEAST分析的比对后线粒体序列（覆盖41个物种，序列总长18,818 bp）。 nucl_sequences.fasta：用于BEAST分析的比对后核基因组序列（包含51个BUSCO（Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs）基因，序列总长36,639 bp，覆盖44个物种）。 ## 数据集详情 ### 线粒体数据集 本数据集包含取自公共数据库的线粒体序列，辅以本研究获取的物种序列： - 总物种数：41个 - 比对序列长度：18,818 bp - 公共数据库来源外类群：23个 - 18个红猎蝽属（Rhodnius）物种数据来自Filée等2022年研究及Merle等已提交论文 ### 核基因组数据集 本数据集包含51个BUSCO编码基因（总长36.3 kb），取自公共数据库基因组与本研究组装的基因组： - 总物种数：44个 - 比对序列长度：36,639 bp - 公共数据库来源物种：24个，包含模式种*Rhodnius prolixus*参考序列（Mesquita等2015年研究） - 20个红猎蝽属（Rhodnius）物种数据来自Filée等2022年研究及Merle等已提交论文 ## 公共数据库序列登录号表 下表列出了本分析中用作外类群或参考序列的、从公共数据库获取的所有序列信息： | 类群（Taxa） | 物种名称 | 线粒体序列登录号 | 基因组登录号 | |--------------|------------------------------|----------------|----------------------------| | 粉虱总科（Aleyrodoidea） | 烟粉虱（Bemisia tabaci） | MH714535.1 | GCF_001854935.1 | | 粉虱总科（Aleyrodoidea） | 温室白粉虱（Trialeurodes vaporariorum） | AY521265.2 | GCA_011764245.1 | | 蚜科（Aphididae） | 豌豆蚜（Acyrthosiphon pisum） | NC_011594.1 | GCF_005508785.1 | | 蚜科（Aphididae） | 棉蚜（Aphis gossypii） | MK994521.1 | GCF_004010815.1 | | 蚜科（Aphididae） | 雪松大蚜（Cinara cedri） | - | GCA_902439185.1 | | 蚜科（Aphididae） | Therioaphis tenera | MH643885.1 | - | | 蜚蠊目（Blattodea） | 德国小蠊（Blattella germanica） | EU854321.1 | GCA_003018175.1 | | 蜚蠊目（Blattodea） | 台湾乳白蚁（Coptotermes formosanus） | NC_015800.1 | GCA_013340265.1 | | 蜚蠊目（Blattodea） | Cryptotermes secundus | KP026283.1 | GCF_002891405.2 | | 蜚蠊目（Blattodea） | 美洲大蠊（Periplaneta americana） | GU947663.1 | GCA_002939525.1 | | 蜚蠊目（Blattodea） | Zootermopsis nevadensis | KJ958410.1 | GCF_000696155.1 | | 臭虫总科（Cimicoidea） | 温带臭虫（Cimex lectularius） | JQ739180.1 | GCF_000648675.2 | | 臭虫总科（Cimicoidea） | Orius laevigatus | - | GCA_018703685.1 | | 臭虫总科（Cimicoidea） | 南方小花蝽（Orius sauteri） | KJ671626.1 | - | | 臭虫总科（Cimicoidea） | Gorpis humeralis | JF927830.1 | - | | 盲蝽科（Miridae） | Apolygus lucorum | KU234539.1 | GCA_009739505.2 | | 盲蝽科（Miridae） | Cyrtorhinus lividipennis | - | GCA_019603395.1 | | 盲蝽科（Miridae） | Nesidiocoris tenuis | JQ806057.1 | GCA_902806785.1 | | 盲蝽科（Miridae） | Pachypeltis micranthus | - | GCA_020466155.1 | | 盲蝽科（Miridae） | Trigonotylus caelestialium | KJ170899.1 | - | | 盲蝽科（Miridae） | Adelphocoris lineolatus | KJ020286.1 | - | | 蝽科（Pentatomidae） | Aelia acuminata | OU426986.1 | GCA_911387785.1 | | 蝽科（Pentatomidae） | Euschistus heros | MG253270.1 | GCA_003667255.1 | | 蝽科（Pentatomidae） | 褐边绿蝽（Halyomorpha halys） | FJ685650.1 | GCF_000696795.2 | | 蝽科（Pentatomidae） | Stiretrus anchorago | - | GCA_010014745.1 | | 蝽科（Pentatomidae） | Picromerus lewisi | MW355499.1 | - | | 锥蝽族（Triatomini） | Panstrongylus lignarius | - | PRJNA395235.fa | | 锥蝽族（Triatomini） | Panstrongylus rufotuberculatus | MF614953.1 | - | | 锥蝽族（Triatomini） | Triatoma brasilliensis | - | - | | 锥蝽族（Triatomini） | 智利锥蝽（Triatoma infestans） | KY640305.1 | GCA_011037195.1 | | 锥蝽族（Triatomini） | Triatoma rubrofasciata | MH934953.1 | Triatoma_chr_assembly | ## BEAST分析参数 - 分子钟模型：对数正态松弛时钟（Lognormal relaxed clock） - 树先验分布：出生-死亡不完全采样模型（Birth-Death Incomplete Sampling） - 校准信息：7个化石校准点（详见补充表3） - 运行设置：每个数据集独立运行6次 - 迭代代数：单次运行10,000,000代，每1000代采样一次 - 燃烧期：25% - 其余参数均采用BEAUti 2.6.3（BEAUti）的默认设置 每个独立运行包含XML格式输入文件、参数追踪日志文件（.log）以及系统发育树输出文件（.trees）。使用TreeAnnotator（树注释工具）对多次运行结果进行合并，生成共识树。 ## 说明 1. 本研究仅使用公共数据库序列及本实验室组装的基因组序列。 2. 已移除与高性能计算集群（HPC）相关的脚本及临时文件，所有必要参数均已包含在XML输入文件中。 3. 本仓库包含复现BEAST分析及生成最终系统发育树所需的全部文件。 ## 引用说明 若使用本数据集，请引用相关发表论文。