Main Table

Table 1: List of novel mutations identified from LSDV field strains from India sampled during 2022-2023. The genotype of the mutations along with the genomic positions and genes affected are tabulated. The frequency column indicates the number of samples in which the mutation was detected, in a total of 41 samples.Main Table-Gene_ID - Annotated gene ID in LSDV reference genome NC_003027.1; Position - Nucleotide position in the reference genome; REF - Reference genotype; ALT - Altered genotype in Sample; Frequency - Number of samples with altered genotype out of 41 samples.Colour coding in Gene ID column indicates gene function: Brown - Viral virulence and host range; Blue - DNA replication and nucleotide metabolism; Maroon - RNA transcription and modification; Silver - Structure and assembly functions; White - Unknown function; N/A - Intergenic region.Colour coding in Position, REF & ALT columns indicate mutation type: Red - Non-synonymous; Yellow - Indels; Green - Synonymous. Border colour: Black - frameshift; Blue - inframe indel.表1：2022-2023年采自印度的山羊痘病毒（Lumpy Skin Disease Virus, LSDV）野外毒株中鉴定获得的新型突变体列表。本表格汇总了突变的基因型、基因组定位以及受影响的基因。频率列用于标注该突变被检出的样本数量，本次研究共纳入41份受试样本。 主表字段说明： - Gene_ID：LSDV参考基因组NC_003027.1中注释的基因编号； - Position：参考基因组中的核苷酸位点坐标； - REF：参考基因型； - ALT：受试样本中的突变基因型； - Frequency：41份受试样本中携带突变基因型的样本数量。 基因ID列的颜色编码用于标注基因功能： - 棕色：病毒毒力与宿主范围相关基因； - 蓝色：DNA复制与核苷酸代谢相关基因； - 酒红色：RNA转录与修饰相关基因； - 银色：结构与组装功能相关基因； - 白色：功能未知基因； - N/A：基因间区。 位点、REF及ALT列的颜色编码用于标注突变类型： - 红色：非同义突变； - 黄色：插入缺失突变（Insertions/Deletions, Indels）； - 绿色：同义突变。 边框颜色规则： - 黑色：移码突变； - 蓝色：框内插入缺失突变（inframe indel）。