Data for differentiation based method PCA, Dxy, Da
收藏DataONE2017-02-08 更新2024-06-26 收录
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资源简介：
- plink format files AssembliesGenowine.raw and .map for PCA performed with adegenet - Vcf phased data files for each chromosome of flor and wine population - R script utilising on PopGenome performing all analysis of Theta, pi, Dxy (Da = Dxy – (Piwine+piflor)/2 ) on each chromosome datafile).
- PLINK格式文件：包含AssembliesGenowine.raw与.map文件，用于借助adegenet工具包开展主成分分析（PCA）
- 对应flor种群与wine种群的每条染色体的相位化VCF（Variant Call Format）数据文件
- 基于PopGenome包编写的R脚本，用于对每条染色体的数据文件执行Theta、核苷酸多样性（π）、Dxy的群体遗传学分析，其中Da的计算公式为：Da = Dxy – (π_wine + π_flor)/2
创建时间：
2017-02-08
