Mus musculus C57BL/6NJ
收藏Genomic tRNA Database2026-04-18 收录
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资源简介:
High confidence set 381 tRNAs decoding standard 20 AA 380 Selenocysteine tRNAs (TCA) 1 Notable atypical predictions Anticodon/isotype mismatch 5 Unexpected anticodons 2 Other tRNA-like predictions Primary filter (tRNAscan-SE pseudogenes) 33619 Secondary filter (low feature scores, possible rep. element) 4069 Tertiary filter (excessive isotype copies, possible rep. element) 3 Arg TCT 4 Leu CAA 4 Ile TAT 4 Tyr GTA 10 Isotype tRNA Count by Anticodon Total Ala AGC 13 GGC CGC 6 TGC 8 27 Gly ACC GCC 11 CCC 7 TCC 5 23 Pro AGG 6 GGG CGG 3 TGG 7 16 Thr AGT 9 GGT CGT 4 TGT 4 17 Val AAC 7 GAC CAC 10 TAC 3 20 Isotype tRNA Count by Anticodon Total Ser AGA 8 GGA CGA 3 TGA 3 ACT GCT 7 21 Arg ACG 6 GCG CCG 3 TCG 5 CCT 5 TCT 5 24 Leu AAG 5 GAG CAG 8 TAG 3 CAA 4 TAA 4 24 Isotype tRNA Count by Anticodon Total Phe AAA GAA 7 7 Asn ATT GTT 15 15 Lys CTT 19 TTT 11 30 Asp ATC GTC 15 15 Glu CTC 10 TTC 8 18 His ATG GTG 10 10 Gln CTG 10 TTG 6 16 Isotype tRNA Count by Anticodon Total Ile AAT 11 GAT CAT TAT 4 15 iMet/Met CAT 9/8 17 Tyr ATA GTA 10 10 Supres TCA CTA TTA 0 Cys ACA GCA 47 47 Trp CCA 8 8 SelCys TCA 1 1
高置信度集合:包含381条可识别标准20种氨基酸的转运RNA(transfer RNA, tRNA)、380条反密码子为TCA的硒半胱氨酸tRNA(Selenocysteine tRNA),另有1条相关序列。
显著非典型预测结果:反密码子/亚型错配5例、意外反密码子2例、类tRNA样异常预测若干。
初级过滤(基于tRNAscan-SE预测的假基因):33619条;次级过滤(特征评分较低、疑似重复元件):4069条;三级过滤(亚型拷贝数过多、疑似重复元件):3条。
按反密码子分类的tRNA亚型计数(总集):
1. 丙氨酸(Ala):AGC型13条、CGC型6条、TGC型8条,总计27条
2. 甘氨酸(Gly):ACC型11条、GCC型7条、CCC型7条、TCC型5条,总计23条
3. 脯氨酸(Pro):AGG型6条、CGG型3条、TGG型7条,总计16条
4. 苏氨酸(Thr):AGT型9条、CGT型4条、TGT型4条,总计17条
5. 缬氨酸(Val):AAC型7条、CAC型10条、TAC型3条,总计20条
6. 丝氨酸(Ser):AGA型8条、CGA型3条、TGA型3条、GCT型7条,总计21条
7. 精氨酸(Arg):ACG型6条、CCG型3条、TCG型5条、CCT型5条、TCT型5条,总计24条
8. 亮氨酸(Leu):AAG型5条、CAG型8条、TAG型3条、CAA型4条、TAA型4条,总计24条
9. 苯丙氨酸(Phe):AAA型7条、GAA型7条,总计14条
10. 天冬酰胺(Asn):ATT型15条、GTT型15条,总计30条
11. 赖氨酸(Lys):CTT型19条、TTT型11条,总计30条
12. 天冬氨酸(Asp):ATC型15条、GTC型15条,总计30条
13. 谷氨酸(Glu):CTC型10条、TTC型8条,总计18条
14. 组氨酸(His):ATG型10条、GTG型10条,总计20条
15. 谷氨酰胺(Gln):CTG型10条、TTG型6条,总计16条
16. 异亮氨酸(Ile):AAT型11条、TAT型4条,总计15条
17. 起始/延伸甲硫氨酸tRNA(iMet/Met tRNA):CAT型,起始型9条、延伸型8条,总计17条
18. 酪氨酸(Tyr):ATA型10条、GTA型10条,总计20条
19. 抑制型tRNA(Supressor tRNA):TCA、CTA、TTA型,数量均为0
20. 半胱氨酸tRNA(Cys tRNA):ACA型、GCA型,总计47条
21. 色氨酸tRNA(Trp tRNA):CCA型,总计8条
22. 硒半胱氨酸tRNA(SelCys tRNA):TCA型,1条
提供机构:
UCSC Genomic tRNA Database



