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human-oral-v1-0-1 reference for LocalHGT

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Zenodo2024-04-14 更新2026-05-26 收录
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资源简介:

Please download the file human-oral-v1-0-1.fasta.gz and unzip it by "gzip -d human-oral-v1-0-1.fasta.gz". After that, pass the full path of the file "human-oral-v1-0-1.fasta" to LocalHGT by "localhgt bkp -r /path-to/human-oral-v1-0-1.fasta" or "localhgt event -r /path-to/human-oral-v1-0-1.fasta". "human-oral-v1-0-1.fasta.fai" is the index file, you can download it or not. If you download it, you should put it in the same folder as human-oral-v1-0-1.fasta. If you don't download it, LocalHGT will generate it automatically. The file genomes-all_metadata.tsv records the taxonomy information of each genome. If you want to analyze HGTs in human oral microbiome, you can use this reference. Detailed instructions can be seen at LocalHGT.

请下载文件`human-oral-v1-0-1.fasta.gz`,并通过命令`gzip -d human-oral-v1-0-1.fasta.gz`完成解压缩。随后,将`human-oral-v1-0-1.fasta`文件的完整路径通过以下两种方式传入LocalHGT工具:`localhgt bkp -r /path-to/human-oral-v1-0-1.fasta` 或 `localhgt event -r /path-to/human-oral-v1-0-1.fasta`。 `human-oral-v1-0-1.fasta.fai`为该文件的索引文件,可选择是否下载。若选择下载,请将其放置于与`human-oral-v1-0-1.fasta`相同的文件夹下;若不下载,LocalHGT将自动生成该索引文件。 文件`genomes-all_metadata.tsv`记录了各基因组的分类学信息。若需开展人类口腔微生物组的水平基因转移(Horizontal Gene Transfer, HGT)分析,可使用该参考数据集。详细操作指南可参阅LocalHGT官方说明。

提供机构:
Zenodo
创建时间:
2024-04-11
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