Data for "The evolution of gene functional repertoire in Amorphea: Divergent strategies across Amoebozoa, Fungi, and Metazoa"

Collection of data used in the study:<b><i>“The evolution of gene functional repertoire in Amorphea: Divergent strategies across Amoebozoa, Fungi, and Metazoa”</i></b>Find related code and input files descriptions in GitHub (future release)<b>Supplementary video and file information:</b><b>Supplementary Video 1. BEAP0066, floating form.</b> Video accelerated to x150 normal speed. Total time elapsed = 1.2 h.<b>Supplementary Video 2. BEAP0066, contact of subpseudopodia.</b> Video accelerated to x150 normal speed. Total time elapsed = 1.6 h.<b>Supplementary Video 3. BEAP0066, double-amoeba.</b> Video accelerated to x150 normal speed. Total time elapsed = 5.8 h.<b>Supplementary Video 4. BEAP0066, rings in solid medium.</b> Video accelerated to x300 normal speed. Total time elapsed = 2.9 h.<b>Supplementary File 1. </b>Newick tree for Figure 1.<b>Supplementary File 2. </b>Species used in the project with source and name abbreviation..<b>Supplementary File 3. </b>Genomes used for transcriptome decontamination.<b>Supplementary File 4. </b>Differentially expressed Pfam clans per taxonomic group.<b>Supplementary File 5. </b>Newick tree for Supplementary Figure 1.<b>Supplementary File 6. </b>Scanning electron microscopy additional images.<b>Supplementary File 7. </b>Transmission electron microscopy additional images.<b>BEAP0066_tsa_transcriptome.fasta. </b><i>Apostamoeba explorator</i> transcriptome.<b>BEAP0079_tsa_transcriptome.fasta.</b> <i>Vannella septentrionalis</i> transcriptome.<b>BEAP0066_proteome.fasta. </b><i>Apostamoeba explorator</i> proteome.<b>BEAP0079_proteome.fasta</b> <i>Vannella septentrionalis</i> proteome.<b>Apostamoebida_V4_diversity_trimmed_for_RAxML.fas</b> V4 alignments for Supplementary FIgure 1 (trimmed version used in RAxML)<b>Apostamoebida_V4_diversity_with_sequence_mask.fas</b> V4 alignments for Supplementary FIgure 1 (full alignment with the sequence mask)

本数据集为研究《无壁类（Amorphea）基因功能组分的演化：变形虫门、真菌与后生动物的差异化策略》所使用的相关数据集合。相关代码与输入文件说明将在GitHub平台后续发布。
补充视频与文件说明：
补充视频1：BEAP0066 悬浮形态。视频已加速至正常速度的150倍，总等效时长为1.2小时。
补充视频2：BEAP0066 亚伪足接触过程。视频已加速至正常速度的150倍，总等效时长为1.6小时。
补充视频3：BEAP0066 双核变形体。视频已加速至正常速度的150倍，总等效时长为5.8小时。
补充视频4：BEAP0066 固体培养基中的环状结构。视频已加速至正常速度的300倍，总等效时长为2.9小时。
补充文件1：对应图1的Newick系统发育树（Newick tree）。
补充文件2：本研究项目中使用的物种及其来源与名称缩写信息。
补充文件3：用于转录组去污染的基因组数据。
补充文件4：各分类类群中差异表达的Pfam家族簇（Pfam clans）信息。
补充文件5：对应补充图1的Newick系统发育树（Newick tree）。
补充文件6：扫描电子显微镜额外成像结果。
补充文件7：透射电子显微镜额外成像结果。
BEAP0066_tsa_transcriptome.fasta：探索无壳变形虫（*Apostamoeba explorator*）的转录组序列文件。
BEAP0079_tsa_transcriptome.fasta：北方范氏变形虫（*Vannella septentrionalis*）的转录组序列文件。
BEAP0066_proteome.fasta：探索无壳变形虫（*Apostamoeba explorator*）的蛋白质组序列文件。
BEAP0079_proteome.fasta：北方范氏变形虫（*Vannella septentrionalis*）的蛋白质组序列文件。
Apostamoebida_V4_diversity_trimmed_for_RAxML.fas：用于补充图1的V4区序列比对文件（经修剪，适用于RAxML系统发育分析）。
Apostamoebida_V4_diversity_with_sequence_mask.fas：用于补充图1的V4区序列比对文件（完整比对文件，包含序列屏蔽区域）