Manual organelle segmentations (crop161) in near-isotropic, reconstructed volume electron microscopy (FIB-SEM) of mouse kidney (jrc_mus-kidney)

<b>This acquisition is part of the CellMap 2024 Segmentation Challenge</b><br><br>- <b>Challenge DOI:</b> https://doi.org/10.25378/janelia.c.7456966<br><br>- <b>Challenge Website:</b> https://cellmapchallenge.janelia.org/<br><br><b>Annotation description</b>: Dense segmentations of extracellular space, plasma membrane, mitochondrial membrane, mitochondrial lumen, vesicle membrane, endosome membrane, vesicle lumen, Golgi lumen, Golgi membrane, mitochondrial ribosome, endoplasmic reticulum lumen, endoplasmic reticulum membrane, lipid droplet lumen, lipid droplet membrane, endosome lumen, cytosol, Golgi, endosome, vesicle, lipid droplet, mitochondria, endoplasmic reticulum, cell, endoplasmic reticulum membrane collective in jrc_mus-kidney using Amira 3D 2021.1, Classic Segmentation Workroom and the 'Using Amira to manually segment organelles in vEM for machine learning V.3' annotation protocol.<br><br><b>Annotation ID</b>: crop161<br><br><b>Primary Annotator</b>: Woohyun Park<br><br><b>Annotation protocol</b>: Using Amira to manually segment organelles in vEM for machine learning V.3 (http://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.bp2l61rb5vqe/v3)<br><br><b>Software</b>: Amira 3D 2021.1, Classic Segmentation Workroom<br><br><b>Annotated voxel size (nm)</b>: 4 x 4 x 4 (x, y, z)<br><br><b>Annotated data dimensions (µm)</b>: 0.8 x 0.8 x 0.8 (x, y, z)<br><br><b>Annotated data offset (nm)</b>: 44806 x 44078 x 68006 (x, y, z)<br><br><b>Classes annotated</b>: extracellular space, plasma membrane, mitochondrial membrane, mitochondrial lumen, vesicle membrane, endosome membrane, vesicle lumen, Golgi lumen, Golgi membrane, mitochondrial ribosome, endoplasmic reticulum lumen, endoplasmic reticulum membrane, lipid droplet lumen, lipid droplet membrane, endosome lumen, cytosol, Golgi, endosome, vesicle, lipid droplet, mitochondria, endoplasmic reticulum, cell, endoplasmic reticulum membrane collective<br><br><b>Dataset URL</b>: s3://janelia-cosem-datasets/jrc_mus-kidney/jrc_mus-kidney.zarr/recon-1/labels/groundtruth/crop161<br><br><b>Source (EM) dataset ID</b>: jrc_mus-kidney<br><br><b>Source (EM) voxel size (nm)</b>: 8 x 8 x 8 (x, y, z)<br><br><b>Source (EM) data dimensions (µm)</b>: 98.3 x 63.81 x 177.59 (x, y, z)<br><br><b>Source (EM) DOI</b>: https://doi.org/10.25378/janelia.16913035<br><br><b>Visualization website</b>: https://openorganelle.janelia.org/datasets/jrc_mus-kidney<br><br><b>Publication:</b> <i>CellMap Segmentation Challenge,</i> 2024.<br><br><b>The CellMap Project Team during this time consisted of:</b> David Ackerman, Davis Bennett, Marley Bryant, Hannah Nguyen, Grace Park, Alyson Petruncio, Alannah Post, Jacquelyn Price, Diana Ramirez, Jeff Rhoades, Rebecca Vorimo, Aubrey Weigel, Marwan Zouinkhi, Yurii Zubov.<br><br><b>The CellMap Project Team Steering Committee during this time consisted of:</b> Misha Ahrens, Christopher Beck, Teng-Leong Chew, Daniel Feliciano, Jan Funke, Harald Hess, Wyatt Korff, Jennifer Lippincott-Schwartz, Zhe J. Liu, Kayvon Pedram, Stephan Preibisch, Stephan Saalfeld, Ronald Vale, and Aubrey Weigel.

<b>本数据集隶属于CellMap 2024图像分割挑战赛（CellMap 2024 Segmentation Challenge）</b><br><br>- <b>挑战赛DOI：</b> https://doi.org/10.25378/janelia.c.7456966<br><br>- <b>挑战赛官网：</b> https://cellmapchallenge.janelia.org/<br><br><b>标注说明：</b>针对jrc_mus-kidney样本，采用Amira 3D 2021.1、经典分割工作室（Classic Segmentation Workroom）及《面向机器学习的体视电子显微镜细胞器手动分割（V.3版）》（Using Amira to manually segment organelles in vEM for machine learning V.3）标注协议，完成细胞外间隙（extracellular space）、质膜（plasma membrane）、线粒体膜（mitochondrial membrane）、线粒体腔（mitochondrial lumen）、囊泡膜（vesicle membrane）、内体膜（endosome membrane）、囊泡腔（vesicle lumen）、高尔基内腔（Golgi lumen）、高尔基膜（Golgi membrane）、线粒体核糖体（mitochondrial ribosome）、内质网腔（endoplasmic reticulum lumen）、内质网膜（endoplasmic reticulum membrane）、脂滴腔（lipid droplet lumen）、脂滴膜（lipid droplet membrane）、内体腔（endosome lumen）、胞质溶胶（cytosol）、高尔基体（Golgi）、内体（endosome）、囊泡（vesicle）、脂滴（lipid droplet）、线粒体（mitochondria）、内质网（endoplasmic reticulum）、细胞（cell）及内质网膜集合体（endoplasmic reticulum membrane collective）的密集语义分割。<br><br><b>标注ID：</b> crop161<br><br><b>主要标注者：</b> 朴宇炫（Woohyun Park）<br><br><b>标注协议：</b> 《面向机器学习的体视电子显微镜细胞器手动分割（V.3版）》（http://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.bp2l61rb5vqe/v3）<br><br><b>所用软件：</b> Amira 3D 2021.1、经典分割工作室（Classic Segmentation Workroom）<br><br><b>标注体素尺寸（纳米）：</b> 4 × 4 × 4（x、y、z轴）<br><br><b>标注数据尺寸（微米）：</b> 0.8 × 0.8 × 0.8（x、y、z轴）<br><br><b>标注数据偏移量（纳米）：</b> 44806 × 44078 × 68006（x、y、z轴）<br><br><b>标注类别：</b> 细胞外间隙（extracellular space）、质膜（plasma membrane）、线粒体膜（mitochondrial membrane）、线粒体腔（mitochondrial lumen）、囊泡膜（vesicle membrane）、内体膜（endosome membrane）、囊泡腔（vesicle lumen）、高尔基内腔（Golgi lumen）、高尔基膜（Golgi membrane）、线粒体核糖体（mitochondrial ribosome）、内质网腔（endoplasmic reticulum lumen）、内质网膜（endoplasmic reticulum membrane）、脂滴腔（lipid droplet lumen）、脂滴膜（lipid droplet membrane）、内体腔（endosome lumen）、胞质溶胶（cytosol）、高尔基体（Golgi）、内体（endosome）、囊泡（vesicle）、脂滴（lipid droplet）、线粒体（mitochondria）、内质网（endoplasmic reticulum）、细胞（cell）、内质网膜集合体（endoplasmic reticulum membrane collective）<br><br><b>数据集链接：</b> s3://janelia-cosem-datasets/jrc_mus-kidney/jrc_mus-kidney.zarr/recon-1/labels/groundtruth/crop161<br><br><b>源电子显微镜数据集ID：</b> jrc_mus-kidney<br><br><b>源电子显微镜体素尺寸（纳米）：</b> 8 × 8 × 8（x、y、z轴）<br><br><b>源电子显微镜数据尺寸（微米）：</b> 98.3 × 63.81 × 177.59（x、y、z轴）<br><br><b>源电子显微镜数据集DOI：</b> https://doi.org/10.25378/janelia.16913035<br><br><b>可视化官网：</b> https://openorganelle.janelia.org/datasets/jrc_mus-kidney<br><br><b>发表文献：</b> <i>CellMap图像分割挑战赛</i>，2024年。<br><br><b>本项目期间的CellMap团队成员包括：</b> 大卫·阿克曼（David Ackerman）、戴维斯·贝内特（Davis Bennett）、马利·布莱恩特（Marley Bryant）、汉娜·阮（Hannah Nguyen）、格蕾丝·帕克（Grace Park）、奥尔森·佩图西奥（Alyson Petruncio）、阿拉娜·波斯特（Alannah Post）、杰奎琳·普莱斯（Jacquelyn Price）、戴安娜·拉米雷斯（Diana Ramirez）、杰夫·罗兹（Jeff Rhoades）、丽贝卡·沃里莫（Rebecca Vorimo）、奥布里·韦格尔（Aubrey Weigel）、马尔万·祖因基（Marwan Zouinkhi）、尤里·祖波夫（Yurii Zubov）。<br><br><b>本项目期间的CellMap团队指导委员会成员包括：</b> 米沙·阿伦斯（Misha Ahrens）、克里斯托弗·贝克（Christopher Beck）、郑德隆（Teng-Leong Chew）、丹尼尔·费利西亚诺（Daniel Feliciano）、扬·丰克（Jan Funke）、哈拉尔德·赫斯（Harald Hess）、怀亚特·科夫（Wyatt Korff）、珍妮弗·利平科特-施瓦茨（Jennifer Lippincott-Schwartz）、刘哲（Zhe J. Liu）、凯冯·佩德姆（Kayvon Pedram）、斯蒂芬·普赖比斯奇（Stephan Preibisch）、斯蒂芬·萨尔费尔德（Stephan Saalfeld）、罗纳德·瓦尔（Ronald Vale）及奥布里·韦格尔（Aubrey Weigel）。