Partitions and models of sequence evolution used in the Maximum Likelihood (ML) and Bayesian Inference (BI) phylogenetic analyses. In the second column, 1 st, 2 nd and 3 rd refer to codon position. in Revealing two centuries of confusion: new insights on nomenclature and systematic position of Argyrogena fasciolata (Shaw, 1802) (auctt.), with description of a new species from India (Reptilia: Squamata: Colubridae)
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Partitions and models of sequence evolution used in the Maximum Likelihood (ML) and Bayesian Inference (BI) phylogenetic analyses. In the second column, 1st, 2nd and 3rd refer to codon position. PartitionsSitesMLBIP112S, cytb 1st, ND4 1stGTR+GGTR+I+GP2ND4 2nd, cytb 2ndGTR+GHKY+I+GP3cytb 3rd, ND4 3rdGTR+GGTR+I+GP4cmos 1st, cmos 2nd, rag1 1st, rag1 2ndGTR+GHKY+GP5cmos 3rd, rag1 3rdGTR+GHKY+GP616SGTR+GGTR+I+G
本数据集包含用于最大似然(Maximum Likelihood, ML)与贝叶斯推断(Bayesian Inference, BI)系统发育分析的序列进化分区及对应进化模型。其中第二列标注的1st、2nd与3rd分别指代密码子第一位、第二位与第三位位点。 各分区详情如下: P1:涵盖12S、cytb 第一位、ND4 第一位位点,ML分析采用GTR+G模型,BI分析采用GTR+I+G模型 P2:涵盖ND4 第二位、cytb 第二位位点,ML分析采用GTR+G模型,BI分析采用HKY+I+G模型 P3:涵盖cytb 第三位、ND4 第三位位点,ML分析采用GTR+G模型,BI分析采用HKY+I+G模型 P4:涵盖cmos 第一位、cmos 第二位、rag1 第一位、rag1 第二位位点,ML分析采用GTR+G模型,BI分析采用HKY+G模型 P5:涵盖cmos 第三位、rag1 第三位位点,ML分析采用GTR+G模型,BI分析采用HKY+G模型 P6:涵盖16S位点,ML分析采用GTR+G模型,BI分析采用GTR+I+G模型



