Additional file 3: of Holo-Seq: single-cell sequencing of holo-transcriptome

Table S5. Known and novel antisense transcripts identified from 10 mESC single cells. Table S6. Core and housekeeping genes displayed in Fig. 3e. Table S7. miRNAs detected in 13 mESC single cells. Table S8 snoRNAs detected in 13 mESC single cells. Table S9. tsRNAs detected in 13 mESC single cells. Table S10. List of miRNAs and their potential target genes detected in 7 mESC single cells. Table S11. Super-enhancers and their regulated master miRNA(expressed) in 7 mESC single cells. Table S12. Super-enhancers and their regulated mRNAs (expressed) in 7 mESC single cells. Table S13. miRNAs detected in 32 HCC single cells. Table S14. Six featured transcript groups in Fig. 6a. Table S15. GO term analysis of transcripts of groups 1, 3, 4, 5 in Fig. 6a. Table S16. List of miRNAs and their potential target genes detected in 32 HCC single cells. Table S17. List of oncomiRs (miR-155-5p, miR-221-5p) and their target gene pairs. Table S18. miRNAs and their target gene pairs expressed in negative correlation (p < 0.05) among Exp-sub II&III. Table S19. Super-enhancers and their regulated master genes expressed in 32 HCC single cells. Table S20. Super-enhancers and their regulated master miRNAs expressed in 32 HCC single cells. Table S21. The matrix of super-enhancer regulated master miRNAs and genes’ expression correlation (Spearman r) among 32 HCC single cells. Table S22. List of gene sets in the right panel in Fig. 7b. (XLSX 2860 kb)

表S5. 从10个小鼠胚胎干细胞（mouse embryonic stem cells, mESC）单细胞中鉴定得到的已知及新型反义转录本。
表S6. 图3e中展示的核心基因与持家基因（housekeeping genes）。
表S7. 在13个小鼠胚胎干细胞单细胞中检测到的微小RNA（microRNA, miRNA）。
表S8. 在13个小鼠胚胎干细胞单细胞中检测到的核仁小RNA（small nucleolar RNA, snoRNA）。
表S9. 在13个小鼠胚胎干细胞单细胞中检测到的tRNA衍生小RNA（transfer RNA-derived small RNA, tsRNA）。
表S10. 在7个小鼠胚胎干细胞单细胞中检测到的微小RNA及其潜在靶基因列表。
表S11. 在7个小鼠胚胎干细胞单细胞中，超级增强子及其调控的核心表达型微小RNA。
表S12. 在7个小鼠胚胎干细胞单细胞中，超级增强子及其调控的表达型信使RNA（messenger RNA, mRNA）。
表S13. 在32个肝细胞癌（hepatocellular carcinoma, HCC）单细胞中检测到的微小RNA。
表S14. 图6a中展示的6个特征性转录本组。
表S15. 图6a中第1、3、4、5组转录本的基因本体（Gene Ontology, GO）术语分析结果。
表S16. 在32个肝细胞癌单细胞中检测到的微小RNA及其潜在靶基因列表。
表S17. 致癌性微小RNA（miR-155-5p、miR-221-5p）及其靶基因对列表。
表S18. 在表达亚组II与III中，呈负相关表达（p < 0.05）的微小RNA及其靶基因对。
表S19. 在32个肝细胞癌单细胞中，超级增强子及其调控的核心表达型基因。
表S20. 在32个肝细胞癌单细胞中，超级增强子及其调控的核心表达型微小RNA。
表S21. 在32个肝细胞癌单细胞中，超级增强子调控的核心微小RNA与基因的表达相关性矩阵（斯皮尔曼秩相关系数r）。
表S22. 图7b右侧面板中的基因集列表。（XLSX格式，文件大小2860千字节）