遇见数据集

De novo identified repeat sequences from the Deroceras laeve assembly

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Zenodo2025-06-05 更新2026-05-26 收录
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资源简介:

Obtained with RepeatModeler Version 2.0.3Search Engine = rmblast 2.11.0+Dependencies: TRF 4.09, RECON 1.08, RepeatScout 1.0.5, RepeatMasker 4.1.2LTR Structural Analysis: Enabled ( GenomeTools 1.6.0, LTR_Retriever v2.9.0, Ninja 0.97-cluster_only, MAFFT 7.471, CD-HIT 4.8.1 )Unknown families were extracted and classified with TEclass from the Institute of Bioinformatics Münster

本数据集通过重复序列建模器(RepeatModeler)版本2.0.3生成,所用搜索引擎为rmblast 2.11.0+。所需依赖工具包括TRF 4.09、RECON 1.08、RepeatScout 1.0.5及RepeatMasker 4.1.2。长末端重复序列(Long Terminal Repeat, LTR)结构分析功能已启用,所用工具包括GenomeTools 1.6.0、LTR_Retriever v2.9.0、Ninja 0.97-cluster_only、MAFFT 7.471以及CD-HIT 4.8.1。未知重复家族由明斯特生物信息学研究所开发的TEclass工具完成提取与分类。

提供机构:
Zenodo
创建时间:
2025-06-05
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