SNPsea: an algorithm to identify cell types, tissues, and pathways affected by risk loci
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Updated May 20, 2014. This archive contains data for: Slowikowski, et al. SNPsea: an algorithm to identify cell types, tissues, and pathways that affect risk loci. Bioinformatics (2014). doi:10.1093/bioinformatics/btu326 Please see the SNPsea documentation for more details: http://snpsea.readthedocs.org/en/latest/data.html CONTENTS GWAS SNPs on hg19 with P Celiac_disease-Trynka2011-35_SNPs.gwasHDL_cholesterol-Teslovich2010-46_SNPs.gwasMultiple_sclerosis-IMSGC-51_SNPs.gwasRed_blood_cell_count-Harst2012-45_SNPs.gwas GeneAtlas2004.gct.gz- Gene Atlas 2004 gene expression matrix (Affymetrix) ImmGen2012.gct.gz- ImmGen 2012 gene expression matrix (Affymetrix) FANTOM2014.gct.gz- RIKEN FANTOM5 gene expression matrix (CAGE) GO2013.gct.gz- Gene Ontology 2013 gene annotation matrix (binary annotations) NCBIgenes2013.bed.gz- Homo sapiens NCBI gene intervals Lango2010.txt.gz- LD-pruned SNPs TGP2011.bed.gz- 1000 Genomes Project SNP linkage disequilibrium (LD) intervals
更新于2014年5月20日。本数据集包含针对以下研究的相关数据：Slowikowski 等人发表于《Bioinformatics》（2014年）的《SNPsea：一种用于识别影响风险位点的细胞类型、组织及通路的算法》，DOI：10.1093/bioinformatics/btu326。如需了解更多细节，请参阅SNPsea官方文档：http://snpsea.readthedocs.org/en/latest/data.html。 数据集内容： ### 全基因组关联分析（Genome-Wide Association Study, GWAS）单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism, SNP）位点集（基于hg19参考基因组，附带P值） 1. Celiac_disease-Trynka2011-35_SNPs.gwas：乳糜泻相关GWAS SNP位点集 2. HDL_cholesterol-Teslovich2010-46_SNPs.gwas：高密度脂蛋白胆固醇相关GWAS SNP位点集 3. Multiple_sclerosis-IMSGC-51_SNPs.gwas：多发性硬化相关GWAS SNP位点集 4. Red_blood_cell_count-Harst2012-45_SNPs.gwas：红细胞计数相关GWAS SNP位点集 ### 基因表达与注释数据集 1. GeneAtlas2004.gct.gz：2004版基因表达图谱基因表达矩阵（采用Affymetrix芯片平台） 2. ImmGen2012.gct.gz：2012版免疫基因组（ImmGen）基因表达矩阵（采用Affymetrix芯片平台） 3. FANTOM2014.gct.gz：RIKEN旗下2014版FANTOM5基因表达矩阵（采用CAGE测序技术） 4. GO2013.gct.gz：2013版基因本体（Gene Ontology, GO）基因注释矩阵（采用二元注释格式） 5. NCBIgenes2013.bed.gz：智人（Homo sapiens）NCBI基因区间注释文件 6. Lango2010.txt.gz：经过连锁不平衡（Linkage Disequilibrium, LD）修剪的SNP位点集 7. TGP2011.bed.gz：1000基因组计划（1000 Genomes Project）SNP连锁不平衡区间注释文件
