Refined, automatic nuclei segmentations in near-isotropic, reconstructed volume electron microscopy (FIB-SEM) of mouse epididymis (jrc_mus-epididymis-1)

Segmentation description: Nuclei segmentations in jrc_mus-epididymis-1 using Cellpose 2.0 with minimal manual corrections.Software: Cellpose 2.0Software DOI: https://doi.org/10.1038/s41592-022-01663-4GPU: RTX A6000RAM: 256.0 GiBLabel voxel size (nm): 64 x 64 x 64 (x, y, z)Reconstructed data dimensions (µm): 20.8 x 20.2 x 7.1 (x, y, z)Classes annotated: NucleusSource dataset (EM) ID: jrc_mus-epididymis-1Source dataset (EM) voxel size (nm): 4.0 x 4.0 x 4.0 (x, y, z)Source dataset (EM) data dimensions (µm): 20.8 x 20.2 x 7.1 (x, y, z)Source dataset (EM) DOI: https://doi.org/10.25378/janelia.22190377Dataset URL: s3://janelia-cosem-datasets/jrc_mus-epididymis-1/jrc_mus-epididymis-1.zarr/recon-1/labels/inference/segmentations/nuc/Visualization website: https://openorganelle.janelia.org/datasets/jrc_mus-epididymis-1

分割说明：针对jrc_mus-epididymis-1数据集的细胞核进行分割，采用Cellpose 2.0完成分割，并经过最小化人工修正。
软件：Cellpose 2.0
软件DOI：https://doi.org/10.1038/s41592-022-01663-4
GPU：RTX A6000
内存：256.0 GiB
标签体素尺寸（纳米）：64 × 64 × 64（x、y、z轴）
重建后数据维度（微米）：20.8 × 20.2 × 7.1（x、y、z轴）
标注类别：细胞核
源电子显微镜（Electron Microscopy, EM）数据集ID：jrc_mus-epididymis-1
源电子显微镜数据集体素尺寸（纳米）：4.0 × 4.0 × 4.0（x、y、z轴）
源电子显微镜数据集数据维度（微米）：20.8 × 20.2 × 7.1（x、y、z轴）
源电子显微镜数据集DOI：https://doi.org/10.25378/janelia.22190377
数据集存储地址：s3://janelia-cosem-datasets/jrc_mus-epididymis-1/jrc_mus-epididymis-1.zarr/recon-1/labels/inference/segmentations/nuc/
可视化网站：https://openorganelle.janelia.org/datasets/jrc_mus-epididymis-1