Dataset (VIII) related to publication: Decisive Role of Water and Protein Dynamics in Residence Time of p38a MAP Kinase Inhibitors

MD simulation data of compound 1 in MSM 2-S3 conformations of the related to the publication Pantsar et al.: Decisive Role of Water and Protein Dynamics in Residence Time of p38a MAP Kinase Inhibitors.

Individual .zip files contain raw-desmond trajectories (-out.cms files and trj-files).

All datasets related to this publication:

https://doi.org/10.5281/zenodo.4568113(compound 1; dataset: I)

https://doi.org/10.5281/zenodo.4572444 (compound  1; dataset: II)

https://doi.org/10.5281/zenodo.4561797(compound  2; dataset: III)

https://doi.org/10.5281/zenodo.4563896 (compound  2; dataset: IV)

https://doi.org/10.5281/zenodo.5563359 (SB203580; dataset: V)

https://doi.org/10.5281/zenodo.5563655 (SB203580; dataset: VI)

https://doi.org/10.5281/zenodo.5564118 (compound 1 simulated in compound 2 metastable state 2-S3; dataset: VII)

https://doi.org/10.5281/zenodo.5564208 (compound 1 simulated in compound 2 metastable state 2-S3; dataset: VIII)

https://doi.org/10.5281/zenodo.5564586 (well-tempered metadynamics simulations of compounds 1 and 2; dataset: IX)

https://doi.org/10.5281/zenodo.5570882 (well-tempered metadynamics simulations of compounds 1 and 2; dataset: X)

https://doi.org/10.5281/zenodo.5571352 (well-tempered metadynamics simulations of compounds 1 and 2; dataset: XI)

The datasets include original Desmond raw-trajectories (datasets I–VIII), PDB-coordinates for the energy minimized metastable state derived structures (datasets II, IV and VI) and raw-trajectories of the well-tempered metadynamics simulations (dataset IX–XI).

本数据集为对应Pantsar等人发表的题为《水与蛋白质动力学对p38α丝裂原活化蛋白激酶（p38α MAP Kinase）抑制剂驻留时间的决定性作用》的论文，处于马尔可夫状态模型（Markov State Model, MSM）2-S3构象的化合物1的分子动力学（Molecular Dynamics, MD）模拟数据。

单独的.zip压缩包存储有原生Desmond模拟轨迹文件（包含-out.cms文件与trj轨迹文件）。

本论文关联的全部数据集如下：

https://doi.org/10.5281/zenodo.4568113（化合物1；数据集I）
https://doi.org/10.5281/zenodo.4572444（化合物1；数据集II）
https://doi.org/10.5281/zenodo.4561797（化合物2；数据集III）
https://doi.org/10.5281/zenodo.4563896（化合物2；数据集IV）
https://doi.org/10.5281/zenodo.5563359（SB203580；数据集V）
https://doi.org/10.5281/zenodo.5563655（SB203580；数据集VI）
https://doi.org/10.5281/zenodo.5564118（在化合物2亚稳态2-S3中模拟的化合物1；数据集VII）
https://doi.org/10.5281/zenodo.5564208（在化合物2亚稳态2-S3中模拟的化合物1；数据集VIII）
https://doi.org/10.5281/zenodo.5564586（化合物1与化合物2的增温元动力学模拟；数据集IX）
https://doi.org/10.5281/zenodo.5570882（化合物1与化合物2的增温元动力学模拟；数据集X）
https://doi.org/10.5281/zenodo.5571352（化合物1与化合物2的增温元动力学模拟；数据集XI）

本次关联数据集涵盖：数据集I~VIII的原生Desmond模拟轨迹；数据集II、IV及VI的、经能量最小化处理的亚稳态衍生结构的蛋白质数据库（Protein Data Bank, PDB）坐标文件；以及数据集IX~XI的增温元动力学模拟原生轨迹。