chm13_asm_ctgs_2021_0104 / Jason Chin
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Genome assembly of the CHM13 cell line. Done with a new assembler based on the SHIMMER indexing method. The run time is 1.6 hours with 64 core aarch CPUs. The wall clock time is about 1.6 hours. 2021-01-04 08:47:07,980 INFO [pg_asm::utils::layout] Total size: 3055717214<br> 2021-01-04 08:47:07,980 INFO [pg_asm::utils::layout] Longest size: 140284871<br> 2021-01-04 08:47:07,980 INFO [pg_asm::utils::layout] N50: 82577644<br> 2021-01-04 08:47:07,980 INFO [pg_asm::utils::layout] N90: 17313701<br> 2021-01-04 08:47:07,980 INFO [pg_asm::utils::layout] Number of contigs: 357<br> 2021-01-04 08:47:07,980 INFO [pg_asm::utils::layout] Number of Contigs > 100kb: 207 2021-01-04 08:48:22,512 INFO [pg_asm] pg_asm run end<br> 2021-01-04 08:48:22,512 INFO [pg_asm] total user cpu time: 272568 seconds = 75.71333 hours<br> 2021-01-04 08:48:22,512 INFO [pg_asm] total system cpu time: 920 seconds = 0.25555554 hours<br> 2021-01-04 08:48:22,512 INFO [pg_asm] total elapse time: 5773.4155 seconds = 1.6037266 hours Here is the result of the CHM13 BAC coverage with the assembly <br> Checking attempted with maximum distance from contig end of 1000 bp..Done<br> ******************* BAC SUMMARY ******************<br> TOTAL : 341<br> BP : 51532183<br> ************** Statistics for: _test9.fa ****************<br> BACs closed: 330 (96.7742); BACs attempted: 341 %good = 96.7742; BASES 49874385 (96.783)<br> Median: 99.99135<br> MedianQV: 40.62984<br> Mean: 99.94396<br> MeanQV: 32.51511<br> ***** STATS IGNORING INDELS ********************<br> Median: 100<br> MedianQV: Inf<br> Mean: 99.99418<br> MeanQV: 42.34828<br> **********************************************
CHM13细胞系的基因组组装。本研究采用基于SHIMMER索引方法的新型组装工具完成该项组装。在配备64核心AArch架构CPU的计算环境中，理论运行时长为1.6小时，实际耗时约1.6小时。 2021-01-04 08:47:07,980 INFO [pg_asm::utils::layout] 总碱基长度：3055717214 2021-01-04 08:47:07,980 INFO [pg_asm::utils::layout] 最长序列长度：140284871 2021-01-04 08:47:07,980 INFO [pg_asm::utils::layout] N50值：82577644 2021-01-04 08:47:07,980 INFO [pg_asm::utils::layout] N90值：17313701 2021-01-04 08:47:07,980 INFO [pg_asm::utils::layout] 重叠群（contig）总数：357 2021-01-04 08:47:07,980 INFO [pg_asm::utils::layout] 长度大于100kb的重叠群数量：207 2021-01-04 08:48:22,512 INFO [pg_asm] pg_asm 运行结束 2021-01-04 08:48:22,512 INFO [pg_asm] 用户态CPU总耗时：272568秒，折合75.71333小时 2021-01-04 08:48:22,512 INFO [pg_asm] 系统态CPU总耗时：920秒，折合0.25555554小时 2021-01-04 08:48:22,512 INFO [pg_asm] 总实际运行时间（wall clock time）：5773.4155秒，折合1.6037266小时 以下为该组装结果的CHM13细菌人工染色体（BAC, Bacterial Artificial Chromosome）覆盖度分析结果： 以距重叠群末端最大1000 bp的阈值尝试进行比对校验，已完成。 ******************* BAC汇总结果 ****************** 总计：341 总碱基数：51532183 ************** _test9.fa 统计结果 **************** 成功覆盖的BAC：330个（占比96.7742%）；尝试覆盖的BAC：341个；有效占比：96.7742%；覆盖碱基数：49874385（占比96.783%） 中位数：99.99135 中位数质量值（QV, Quality Value）：40.62984 平均值：99.94396 平均质量值：32.51511 ***** 忽略插入缺失（Indel, Insertion-Deletion）的统计结果 ******************** 中位数：100 中位数质量值：无穷大 平均值：99.99418 平均质量值：42.34828 **********************************************
