Jacob_et_al_2023_DevCell

Data files for the scRNA-seq analysis performed for Jacob et al., 2023, Developmental Cell.

Included are:
(A) Input files required for running the All/FIB/EPI notebooks (incl. expression matrices, loom files, metadata, etc.)
(B) Input files required for running the Receptor-Ligand-Pairing notebook
(C) H5 files containing the relevant output of the All/FIB/EPI notebooks
(D) UMAP coordinates for All/FIB/EPI
(E) Cluster assignment for all cells included in the final analysis

Associated data analysis Jupyter notebooks can be found on kasperlab github page: https://github.com/kasperlab/Jacob_et_al_2023_Developmental_Cell

Associated raw data and expression matrices can be found on ArrayExpress (E-MTAB-11920)

本数据集对应Jacob等人2023年发表于《发育细胞》（Developmental Cell）的研究中所开展的单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析所用的数据文件。

本数据集包含以下内容：
(A) 运行All/FIB/EPI分析所需的Jupyter Notebook脚本的输入文件（包含表达矩阵、loom文件、元数据等）
(B) 运行受体-配体配对分析Jupyter Notebook脚本所需的输入文件
(C) 存储All/FIB/EPI分析脚本相关输出结果的H5文件
(D) All/FIB/EPI分析对应的均匀流形近似与投影（UMAP）坐标
(E) 最终分析中纳入的所有细胞的聚类分配结果

相关数据分析所用的Jupyter Notebook脚本可在kasperlab的GitHub页面获取：https://github.com/kasperlab/Jacob_et_al_2023_Developmental_Cell

相关原始数据及表达矩阵可在ArrayExpress数据库（登录号：E-MTAB-11920）中获取。