Human bone marrow mononuclear cells

The gene expression portion of the NeurIPS 2021 challenge 10x multiome dataset (Luecken et al., NeurIPS datasets and benchmarks track 2021), originally obtained from GEO. Contains single-cell gene expression of 69,249 cells for 13,431 genes. The <code>adata.X</code> field contains normalized data and <code>adata.layers['counts']</code> contains raw expression values. We computed a latent space using scANVI (Xu et al., MSB 2021), following their tutorial.

本数据集为神经信息处理系统大会（NeurIPS）2021挑战赛10x多组学数据集的基因表达子数据集，相关研究由Luecken等人在NeurIPS 2021数据集与基准赛道中发布，其原始数据获取自基因表达综合数据库（Gene Expression Omnibus，简称GEO）。数据集包含13431个基因的69249个细胞的单细胞基因表达数据。注释型数据对象AnnData（下文简称adata）的.X字段存储归一化后的数据，adata.layers['counts']字段则存储原始表达计数。我们参考其官方教程，使用scANVI工具计算得到潜在空间，该方法由Xu等人于2021年发表于《Molecular Systems Biology》（简称MSB）。