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MD simulation of POPC bilayer with OPLS4 force field. 20 w/l

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Zenodo2024-04-22 更新2026-05-26 收录
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资源简介:

MD simulation of POPC (1-palmitoyl-2-oleoyl-phosphatidylcholine) bilayer with OPLS4 force field. 20 w/l Dataset contains original desmond trajectories (_trj), topologies (-out.cms), input files (.cfg, .msj, .cms), and other files For the ease of the upload, trajectory files (_trj) are divided to 250ns pieces and tarred (named desmond_md_popc20_opls4_x-xns_.tar.gz) Dataset also contains Gromacs converted files (.xtc, .gro and .top) System: POPC bilayer in water Number of lipids: 200 (100/leaflet) Number of waters: 4000 Simulation time: 500 ns Simulation engine: Desmond 2022-2 Temperature: 300 K

本数据集为采用OPLS4力场的POPC(1-棕榈酰-2-油酰基卵磷脂)双层膜分子动力学(MD)模拟数据,水脂比为20。 数据集包含原始Desmond轨迹文件(后缀为_trj)、拓扑文件(后缀为-out.cms)、输入文件(格式包含.cfg、.msj、.cms)及其他辅助文件。 为便于上传,轨迹文件被切割为250 ns的片段并打包为tar.gz压缩包,命名格式为desmond_md_popc20_opls4_x-xns_.tar.gz。 数据集同时包含经GROMACS转换得到的文件(格式为.xtc、.gro及.top)。 模拟体系为水环境中的POPC双层膜,脂质分子总数为200个(每个脂双层小叶各含100个),水分子总数为4000个。 模拟总时长为500 ns,模拟引擎为Desmond 2022-2版本,模拟温度为300 K。

提供机构:
Zenodo
创建时间:
2024-04-12
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