Arthropod Assemblages in Desert Ecosystems of Alula County, Saudi Arabia

Arthropod Assemblages in Desert Ecosystems of Alula County, Saudi Arabia
Ruan van Mazijk*, Steven McGregor, Robbert Duker, William Liversage, Carly Butynski, Maurice Schutgens, Miren Schleicher, Max D. Graham, Shauna K. Rees, Abdelsamad Aldabaa, Ahmed H. Mohamed, Sami D. Almalki, Benjamin P. Y.-H. Lee
* Corresponding author (email: [e-mail])
Data and R script for Nature Note submitted to Ecology and Evolution
File: ‘Van Mazijk et al._Ecology and Evolution_raw data.csv’• Raw counts of numbers of individuals, taxonomic identifications and functional groupings for all morphospecies of arthropod collected from pitfall traps in this project.
• Each row in this spreadsheet corresponds to one pitfall trap's specimens for a given morphospecies, such that there are multiple rows per pitfall trap.
Column names and descriptions• Site: Unique reference for each sampling plot for this arthropod study
• Sample_code: Unique reference for each pitfall trap at a given sampling plot
• Photo_file_name: Unique reference for each micrograph taken of arthropod specimens
• Collection_date: Date of specimen collection
• Latitude_N: Geographic coordinates (latitude in decimal degrees)
• Longitude_E: Geographic coordinates (longitude in decimal degrees)
• Habitat_type: Habitat where sample was collected (sensu Valorhiz & IUCN, 2024)
• Nature_reserve: AlUla protected area where sample was collected
• Class: Taxonomic class of identified specimens
• Order: Taxonomic order of identified specimens
• Family: Taxonomic family or superfamily of identified specimens
• Functional type: Functional type of specimens
• N_individuals: Number of individuals of that morphospecies in a given pitfall trap
• Morphospecies: Morphospecies classification
• Description: Additional descriptive details for morphospecies (by Paul Janse van Rensburg)
• Collected_by: Names of sample collectors
File: 'Van Mazijk et al._Ecology and Evolution_analyses and figures.R'• R script to perform analyses and generate figures for manuscript. See comments within.
Sub-folder: Arthropod micrographs• This sub-folder contains all micrograph imagery files for arthropod specimens collected from pitfall traps.
• Micrographs are arranged in the following folder structure:
> [Taxonomic Class]
(e.g. ‘Insecta’)
> [Taxonomic Order]
(e.g. ‘Hymenoptera’)
> [Taxonomic Family] (if applicable)
(e.g. ‘Formicidae’)
> [Morphospecies]
(e.g. ‘Formicidae MS 1’)
> [Micrograph JPEGS]
(e.g. ‘ATW_8_2_a_Insecta_Hymenoptera_Formicidae_n=1.jpeg’)
• Micrograph file names contain the following information, separated by underscores:
‘[Habitat type]_[Site no.]_[Pitfall trap no.]_[Micrograph no.]_[Class]_[Order]_[Family (if applicable)]_[No. individuals of a given morphospecies in view].jpeg’

沙特阿拉伯阿尔乌拉县沙漠生态系统的节肢动物群落
作者：阮·范·马齐克（Ruan van Mazijk）*、史蒂文·麦格雷戈（Steven McGregor）、罗伯特·杜克（Robbert Duker）、威廉·利弗塞奇（William Liversage）、卡莉·布廷斯基（Carly Butynski）、莫里斯·舒特根斯（Maurice Schutgens）、米伦·施莱歇尔（Miren Schleicher）、马克斯·D·格雷厄姆（Max D. Graham）、肖娜·K·里斯（Shauna K. Rees）、阿卜杜勒萨马德·阿尔达巴（Abdelsamad Aldabaa）、艾哈迈德·H·穆罕默德（Ahmed H. Mohamed）、萨米·D·阿尔马基（Sami D. Almalki）、本杰明·P·Y·H·李（Benjamin P. Y.-H. Lee）
*通讯作者（邮箱：[e-mail]）

本数据集为投稿至《Ecology and Evolution》期刊《Nature Note》栏目的相关数据与R脚本。

文件：‘Van Mazijk et al._Ecology and Evolution_raw data.csv’
• 本文件包含本研究中通过陷阱法（pitfall traps）采集的所有节肢动物（Arthropod）形态种（Morphospecies）的个体数原始计数、分类鉴定结果及功能类群划分信息。
• 该电子表格的每一行对应某一诱捕陷阱中某一形态种的标本，因此每个采样陷阱可对应多行数据。

### 列名及说明
• 样地（Site）：本次节肢动物研究中每个采样样地的唯一标识符
• 采样编码（Sample_code）：某一采样样地内每个诱捕陷阱的唯一标识符
• 照片文件名（Photo_file_name）：节肢动物标本显微照片的唯一标识符
• 采集日期（Collection_date）：标本采集日期
• 北纬（Latitude_N）：地理坐标（纬度以十进制度表示）
• 东经（Longitude_E）：地理坐标（经度以十进制度表示）
• 生境类型（Habitat_type）：采样点所在生境（遵循Valorhiz与IUCN，2024年的分类标准）
• 自然保护区（Nature_reserve）：标本采集所在的阿尔乌拉（AlUla）保护区
• 纲（Class）：鉴定标本的分类学纲级单元
• 目（Order）：鉴定标本的分类学目级单元
• 科（Family）：鉴定标本的分类学科或总科级单元
• 功能类群（Functional type）：标本的功能类群
• 个体数（N_individuals）：某一诱捕陷阱中该形态种的个体总数
• 形态种（Morphospecies）：形态种分类单元
• 描述（Description）：形态种的补充描述细节（由Paul Janse van Rensburg撰写）
• 采集者（Collected_by）：样本采集人员姓名

文件：‘Van Mazijk et al._Ecology and Evolution_analyses and figures.R’
• 本R脚本用于执行论文的数据分析与图表生成，具体细节可参见脚本内的注释内容。

子文件夹：节肢动物显微照片（Arthropod micrographs）
• 该子文件夹包含本研究中通过陷阱法采集的所有节肢动物标本的显微图像文件。
• 显微照片的文件夹结构如下：
> [分类学纲]
（例如：‘Insecta’，即昆虫纲）
> [分类学目]
（例如：‘Hymenoptera’，即膜翅目）
> [分类学科]（如适用）
（例如：‘Formicidae’，即蚁科）
> [形态种]
（例如：‘Formicidae MS 1’）
> [显微照片JPEG（JPEG）文件]
（例如：‘ATW_8_2_a_Insecta_Hymenoptera_Formicidae_n=1.jpeg’）
• 显微照片文件名由下划线分隔的以下信息组成：‘[生境类型]_[样地编号]_[诱捕陷阱编号]_[显微照片编号]_[纲]_[目]_[科（如适用）]_[视野内该形态种的个体数].jpeg’