Third and first generation gene sequencing data of 2 infertile male patients in Guangxi Reproduction Hospital, China 2025.4.4
收藏DataCite Commons2025-04-28 更新2025-05-18 收录
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资源简介:
用于男性不育病例中新型 α-珠蛋白缺失的整合第三代和 Sanger 测序数据主要数据:PacBio HiFi 长读长测序文件 (BAM/VCF)验证数据:Sanger 测序轨迹(AB1 文件)和 Gap-PCR 元数据描述:该数据集结合了 TGS 发现和 Sanger 验证数据,用于在不育男性中鉴定的两种新型 α-珠蛋白簇缺失:案例 1 (39 岁,继发性不孕症):TGS:跨越 HBA1/HBA2 的 8.498 kb 缺失 (GRCh38:chr16:175,159–183,657)(图 1A1)。Sanger:通过引物 F:5'-CAGGCTGTGGGCAGAGTCA-3'/R:5'-GCACACAAAACGTGCCGT-3' (295 bp 产物;图 1B1-C1)。病例 2 (35 岁,无精子症):TGS:21.453 kb 缺失 (chr16:164,004–185,457) 影响 HBM/HBA2/HBA1/HBQ1(图 1A2)。Sanger:引物 F:5'-GGTTCTGACAAGCAGAGGGTGAAA-3'/R:5'-GCCTCTCTACCGTGCAGGGACA-3'(180 bp 产物;图 1B2-C2)。
本数据集是用于男性不育病例中新型α-珠蛋白缺失研究的整合第三代测序(Third-Generation Sequencing, TGS)与桑格测序(Sanger sequencing)数据:
主数据:PacBio HiFi长读长测序文件(BAM/VCF格式)
验证数据:桑格测序轨迹文件(AB1格式)及Gap-PCR相关元数据
数据集说明:本数据集整合了TGS发现数据与桑格验证数据,用于鉴定不育男性体内的两种新型α-珠蛋白簇缺失,具体信息如下:
病例1(39岁,继发性不孕症):
第三代测序检测结果:存在跨越HBA1/HBA2基因的8.498 kb缺失(GRCh38参考基因组:chr16:175,159–183,657,见图1A1)。
桑格验证结果:采用引物F: 5'-CAGGCTGTGGGCAGAGTCA-3'与R:5'-GCACACAAAACGTGCCGT-3'进行扩增,获得295 bp扩增产物(见图1B1-C1)。
病例2(35岁,无精子症):
第三代测序检测结果:存在21.453 kb缺失(chr16:164,004–185,457),该缺失累及HBM/HBA2/HBA1/HBQ1基因(见图1A2)。
桑格验证结果:采用引物F:5'-GGTTCTGACAAGCAGAGGGTGAAA-3'与R:5'-GCCTCTCTACCGTGCAGGGACA-3'进行扩增,获得180 bp扩增产物(见图1B2-C2)。
提供机构:
Science Data Bank
创建时间:
2025-04-28



