Effect of Arid1a deletion on chromatin accessibility in antiviral effector CD8+ T cells. [ATAC-Seq]. Effect of Arid1a deletion on chromatin accessibility in antiviral effector CD8+ T cells. [ATAC-Seq]

To investigate the role of ARID1A in the regulation of effector CD8+ T cell responses, we crossed GzmB-Cre P14 Thy1.1 mice with Arid1a-fl/fl mice to generate Arid1a Het and KO mice. We then performed chromatin accessibility profiling analysis by ATAC-seq in WT, Het, and KO cells in vivo at d0, 48h in vitro activated, d3, d5, and d8 post-LCMV Armstrong infection. Overall design: Chromatin accessibility profiling analysis by ATAC-seq for WT, Arid1a Het, and Arid1a KO P14 CD8+ T cells at d0 (naive), 48h in vitro activated, d3 (total cells), d5 (total cells) and d8 (TE, EEC, and MP cell subsets) following LCMV Armstrong infection.

为探究ARID1A在效应性CD8+ T细胞应答调控中的作用，我们将GzmB-Cre P14 Thy1.1小鼠与Arid1a-flox/flox（Arid1a-fl/fl）小鼠杂交，构建获得Arid1a杂合子（Het）与基因敲除（KO）小鼠。随后，我们采用转座酶可及性染色质测序（ATAC-seq）对体内外多个时间点的野生型（WT）、Het及KO细胞开展染色质开放谱分析，样本涵盖：感染淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒阿姆斯特丹株（LCMV Armstrong）前的d0（初始未活化状态）细胞、体外活化48小时后的细胞，以及感染后第3天（总细胞群）、第5天（总细胞群）与第8天（包含终末效应T细胞（TE）、早期效应细胞（EEC）与记忆性前体细胞（MP）亚群）的细胞。
实验整体设计：针对感染LCMV Armstrong后的WT、Arid1a杂合子与Arid1a敲除P14 CD8+ T细胞，采用ATAC-seq进行染色质开放谱分析，采样时间点分别为d0（初始未活化状态）、体外活化48小时后、感染后第3天（总细胞群）、第5天（总细胞群）及第8天（包含终末效应T细胞（TE）、早期效应细胞（EEC）与记忆性前体细胞（MP）亚群）。