A global transcriptome analysis of human dermal fibroblasts upon knockdown or overexpression of the circular RNAs circGLIS3 (circBase ID: hsa_circ_0002874)

In an RNAseq analysis, we have identified circGLIS3 with high levels acute wound dermis compared to skin. The biological function of circGLIS3 in human dermal fibroblasts during wound repair has not been studied. To study the genes regulated by circGLIS3, we transfected siRNA or plasmid into human dermal fibroblasts to knockdown or overexpress circGLIS3. We performed a global transcriptome analysis of fibroblasts upon circRNA knockdown or overexpression using Affymetrix arrays. Gene expression profiling of fibroblasts transfected with siRNA control (n = 3), si-circGLIS3 (n = 3), p-Ctrl (n = 2), p-circGLIS3 (n = 2) or p-circGLIS3_RNA (n = 2) for 24 hours was carried out by using human Clariom™ S assay (ThermoFisher Scientific) at the Bioinformatics and Expression Analysis (BEA) core facility at Karolinska Institutet.

在本RNA测序（RNAseq）分析中，我们发现相较于正常皮肤组织，急性创伤真皮中的circGLIS3（circGLIS3）表达水平显著升高。目前尚无研究探讨circGLIS3在创伤修复过程中对人真皮成纤维细胞的生物学功能。为研究circGLIS3所调控的靶基因，我们通过向人真皮成纤维细胞中转染小干扰RNA（siRNA）或质粒，分别实现circGLIS3的敲低与过表达。我们采用Affymetrix基因芯片（Affymetrix arrays），对circRNA敲低或过表达后的成纤维细胞开展了全转录组分析。将转染了阴性对照siRNA（n=3）、si-circGLIS3（n=3）、空质粒对照（p-Ctrl，n=2）、circGLIS3过表达质粒（p-circGLIS3，n=2）以及p-circGLIS3_RNA（n=2）的成纤维细胞培养24小时后，我们在卡罗林斯卡学院的生物信息与表达分析（Bioinformatics and Expression Analysis, BEA）核心实验平台，采用人源Clariom™ S检测试剂盒（ThermoFisher Scientific）完成了基因表达谱分析。